More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4010 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  100 
 
 		 196 aa  397  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  62.94 
 
 		 190 aa  220  9e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  61.63 
 
 		 192 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  59.78 
 
 		 199 aa  215  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  62.87 
 
 		 229 aa  214  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  61.85 
 
 		 183 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  59.78 
 
 		 209 aa  214  7e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  62.28 
 
 		 177 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  62.28 
 
 		 177 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  62.28 
 
 		 184 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  62.28 
 
 		 177 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  62.28 
 
 		 177 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  62.28 
 
 		 177 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  61.68 
 
 		 183 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  62.87 
 
 		 183 aa  207  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  61.08 
 
 		 184 aa  204  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  61.68 
 
 		 184 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  61.88 
 
 		 179 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  61.88 
 
 		 179 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  60.48 
 
 		 184 aa  201  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  56.71 
 
 		 170 aa  198  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  56.73 
 
 		 195 aa  195  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  61.88 
 
 		 169 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  61.25 
 
 		 169 aa  191  7e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  56.74 
 
 		 190 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  60.62 
 
 		 169 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  55.09 
 
 		 183 aa  186  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  61.44 
 
 		 162 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  55.21 
 
 		 172 aa  178  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  55.21 
 
 		 190 aa  175  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  52.73 
 
 		 186 aa  174  8e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 175 aa  174  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 175 aa  174  9e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  51.52 
 
 		 186 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  53.99 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  50.91 
 
 		 174 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  52.41 
 
 		 171 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  53.05 
 
 		 172 aa  170  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  52.41 
 
 		 167 aa  169  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  53.66 
 
 		 179 aa  168  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  54.66 
 
 		 179 aa  167  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  51.52 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  51.52 
 
 		 173 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  51.52 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  51.52 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  50.91 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  51.83 
 
 		 174 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  57.53 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  51.25 
 
 		 161 aa  165  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  53.85 
 
 		 172 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  55.56 
 
 		 163 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  51.9 
 
 		 163 aa  164  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  50.9 
 
 		 172 aa  164  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  50.91 
 
 		 173 aa  164  8e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  51.88 
 
 		 225 aa  163  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  50.3 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  51.88 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  51.25 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  49.38 
 
 		 161 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  50.3 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  51.25 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  51.25 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  51.25 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  50.3 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  51.25 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  50.3 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  51.88 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  52.2 
 
 		 176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  50.3 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  51.57 
 
 		 171 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  51.22 
 
 		 172 aa  162  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  50.3 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  53.25 
 
 		 172 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  53.85 
 
 		 172 aa  161  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  53.25 
 
 		 172 aa  161  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  52.2 
 
 		 171 aa  161  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  51.57 
 
 		 171 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  50.3 
 
 		 174 aa  160  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  49.4 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  51.57 
 
 		 171 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  51.48 
 
 		 172 aa  159  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  51.57 
 
 		 171 aa  159  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  52.07 
 
 		 172 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  52.07 
 
 		 172 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  51.57 
 
 		 171 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  158  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  50.91 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  157  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  50.64 
 
 		 180 aa  157  8e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  52.07 
 
 		 172 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  50 
 
 		 179 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  50.94 
 
 		 171 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  52.2 
 
 		 171 aa  156  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  50.31 
 
 		 171 aa  155  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>