More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tter_0165 on replicon NC_013525
Organism: Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  100 
 
 
172 aa  354  3.9999999999999996e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  40.49 
 
 
187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  42.07 
 
 
171 aa  125  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  43.37 
 
 
176 aa  125  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  41.88 
 
 
173 aa  122  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  36.97 
 
 
196 aa  121  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  42.6 
 
 
175 aa  121  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  40.59 
 
 
177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  39.39 
 
 
168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  40.62 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  39.46 
 
 
180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  42.17 
 
 
168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  40.96 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  40.99 
 
 
173 aa  117  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  36.36 
 
 
196 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  35.15 
 
 
192 aa  117  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  39.16 
 
 
166 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  38.51 
 
 
170 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  39.75 
 
 
184 aa  115  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  38.1 
 
 
181 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  38.32 
 
 
202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  41.21 
 
 
177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  37.89 
 
 
170 aa  114  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  38.1 
 
 
193 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  41.1 
 
 
172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  37.42 
 
 
185 aa  114  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  37.87 
 
 
204 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.88 
 
 
181 aa  113  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  40.49 
 
 
198 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  37.72 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  40.36 
 
 
191 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  35.12 
 
 
195 aa  112  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  38.12 
 
 
219 aa  111  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  38.89 
 
 
179 aa  111  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  37.35 
 
 
200 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  37.95 
 
 
205 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.25 
 
 
594 aa  110  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  37.57 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.65 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  37.5 
 
 
181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.91 
 
 
593 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.75 
 
 
174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  35.71 
 
 
190 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  40.82 
 
 
178 aa  108  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  35.15 
 
 
197 aa  108  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.63 
 
 
172 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  39.63 
 
 
172 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.73 
 
 
579 aa  108  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  41.24 
 
 
199 aa  107  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  34.91 
 
 
173 aa  107  7.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.79 
 
 
167 aa  106  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.13 
 
 
579 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  35.4 
 
 
165 aa  106  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  38.46 
 
 
190 aa  107  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.13 
 
 
604 aa  107  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  37.72 
 
 
199 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  35.58 
 
 
189 aa  106  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  33.53 
 
 
200 aa  106  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  35.8 
 
 
203 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  40.12 
 
 
519 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  32.93 
 
 
201 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  37.18 
 
 
182 aa  105  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  39.47 
 
 
181 aa  105  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  37.28 
 
 
192 aa  105  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  37.04 
 
 
206 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  40 
 
 
220 aa  105  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.21 
 
 
181 aa  104  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  40.24 
 
 
197 aa  104  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  39.39 
 
 
220 aa  104  6e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  35.33 
 
 
180 aa  103  8e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  38.92 
 
 
207 aa  103  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  38.92 
 
 
178 aa  103  9e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.02 
 
 
195 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  38.51 
 
 
179 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.04 
 
 
172 aa  103  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  38.04 
 
 
167 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  38.89 
 
 
178 aa  103  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.95 
 
 
179 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  33.94 
 
 
181 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.5 
 
 
187 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  37.2 
 
 
172 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  37.5 
 
 
187 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  35.67 
 
 
224 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  33.94 
 
 
181 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  33.94 
 
 
181 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  33.94 
 
 
181 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  32.54 
 
 
173 aa  102  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  36.65 
 
 
175 aa  102  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  37.13 
 
 
190 aa  102  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  36.78 
 
 
188 aa  102  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  36.02 
 
 
169 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  33.33 
 
 
181 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  38.73 
 
 
206 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.42 
 
 
310 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  38.89 
 
 
178 aa  101  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  37.16 
 
 
264 aa  101  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.69 
 
 
190 aa  101  6e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.89 
 
 
591 aa  100  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  37.58 
 
 
171 aa  100  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  32.94 
 
 
199 aa  100  8e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>