More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2026 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  100 
 
 		 175 aa  344  5e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  64.02 
 
 		 168 aa  210  7.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  56.36 
 
 		 169 aa  184  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  52.83 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  52.83 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  56.25 
 
 		 175 aa  164  5e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  46.95 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  44.24 
 
 		 166 aa  136  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  49.06 
 
 		 173 aa  134  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  40.36 
 
 		 171 aa  134  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  43.24 
 
 		 172 aa  132  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  42.17 
 
 		 177 aa  131  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  44.91 
 
 		 168 aa  131  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  44.65 
 
 		 184 aa  127  7.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  45.83 
 
 		 178 aa  127  9.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  44.85 
 
 		 190 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  46.67 
 
 		 169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  43.21 
 
 		 181 aa  125  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  45.95 
 
 		 190 aa  123  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  45.12 
 
 		 167 aa  122  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  42.6 
 
 		 172 aa  121  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  46.41 
 
 		 192 aa  120  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  41.98 
 
 		 187 aa  120  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  41.98 
 
 		 187 aa  120  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 		 591 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  39.51 
 
 		 185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  40.72 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  40.48 
 
 		 192 aa  119  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  37.04 
 
 		 185 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 184 aa  118  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  46.41 
 
 		 183 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  37.28 
 
 		 185 aa  118  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  37.13 
 
 		 170 aa  117  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  43.75 
 
 		 174 aa  117  7.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  41.21 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  46.72 
 
 		 176 aa  116  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  44.52 
 
 		 196 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  42.48 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  42.59 
 
 		 277 aa  115  1.9999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  42.17 
 
 		 196 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  42.77 
 
 		 208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  47.74 
 
 		 179 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  36.69 
 
 		 185 aa  115  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  39.53 
 
 		 191 aa  115  3e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  42.07 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  42.29 
 
 		 192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  40.13 
 
 		 180 aa  114  5e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  39.43 
 
 		 190 aa  114  5e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  42.51 
 
 		 185 aa  114  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  37.87 
 
 		 198 aa  114  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  42.77 
 
 		 172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.88 
 
 		 173 aa  114  7.999999999999999e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.92 
 
 		 180 aa  114  8.999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  37.87 
 
 		 198 aa  114  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.48 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  41.88 
 
 		 190 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  38.75 
 
 		 170 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  42.77 
 
 		 180 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  45.34 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  36.75 
 
 		 165 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  42.77 
 
 		 181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  43.84 
 
 		 196 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  45.34 
 
 		 172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  40.13 
 
 		 180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  41.88 
 
 		 191 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  44.37 
 
 		 161 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  42.77 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.18 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  39.02 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  42.77 
 
 		 193 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  43.48 
 
 		 186 aa  112  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  40.91 
 
 		 199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  41.76 
 
 		 229 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.12 
 
 		 180 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  44.51 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44.1 
 
 		 172 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.48 
 
 		 172 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40.48 
 
 		 190 aa  110  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  43.48 
 
 		 172 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.9 
 
 		 192 aa  110  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  41.42 
 
 		 178 aa  110  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  43.71 
 
 		 161 aa  110  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  44.2 
 
 		 186 aa  110  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  44.37 
 
 		 172 aa  110  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  39.29 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.24 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  42.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.24 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  42.86 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  45.1 
 
 		 163 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  44.65 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  36.14 
 
 		 165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  42.51 
 
 		 189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  42.5 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  39.62 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  43.2 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  39.52 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  45.51 
 
 		 458 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  39.63 
 
 		 197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  42.5 
 
 		 209 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>