More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2945 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  655    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  77.58 
 
 		 324 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  73.72 
 
 		 318 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.93 
 
 		 332 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.69 
 
 		 316 aa  438  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  68.18 
 
 		 304 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  67.93 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.57 
 
 		 327 aa  341  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.81 
 
 		 317 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.43 
 
 		 374 aa  340  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.71 
 
 		 315 aa  338  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50.35 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.08 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.34 
 
 		 342 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.94 
 
 		 310 aa  225  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.52 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.26 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.26 
 
 		 317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.31 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.86 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.15 
 
 		 328 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.27 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.68 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.68 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.75 
 
 		 270 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.21 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.27 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.97 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  32.89 
 
 		 172 aa  90.9  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.11 
 
 		 168 aa  91.3  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  36.25 
 
 		 179 aa  91.3  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  33.55 
 
 		 171 aa  90.5  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  33.97 
 
 		 591 aa  89.7  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  38.1 
 
 		 187 aa  89  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  32.5 
 
 		 208 aa  87  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  29.52 
 
 		 171 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.64 
 
 		 593 aa  85.1  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.94 
 
 		 196 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.47 
 
 		 184 aa  84  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  31.36 
 
 		 199 aa  83.6  0.000000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  31.94 
 
 		 196 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  31.17 
 
 		 185 aa  81.6  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.95 
 
 		 176 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  34.93 
 
 		 203 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  35.92 
 
 		 169 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 594 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  29.87 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  35.26 
 
 		 172 aa  80.5  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  31.25 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  31.25 
 
 		 185 aa  79.7  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  32.56 
 
 		 579 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  30.52 
 
 		 185 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  31.95 
 
 		 173 aa  79  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  32.7 
 
 		 216 aa  79  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  30.95 
 
 		 192 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.54 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  30.77 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  31.48 
 
 		 191 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.4 
 
 		 604 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  33.12 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.4 
 
 		 579 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  30.17 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  30.92 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  32.88 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  30.92 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  29.17 
 
 		 277 aa  75.9  0.0000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  30.32 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  32.69 
 
 		 182 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  32.47 
 
 		 168 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  30.72 
 
 		 207 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  32.88 
 
 		 201 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  31.01 
 
 		 170 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.18 
 
 		 169 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  34.69 
 
 		 182 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  34.38 
 
 		 552 aa  74.7  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  30.17 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.61 
 
 		 174 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  32.47 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  31.17 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  31.18 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 462 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  32.05 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  29.05 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  31.93 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  31.25 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  32.69 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  27.74 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  30.12 
 
 		 180 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  31.58 
 
 		 191 aa  72.4  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  33.52 
 
 		 192 aa  72  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  33.56 
 
 		 615 aa  72  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  33.53 
 
 		 175 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  29.65 
 
 		 173 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.01 
 
 		 183 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  30.43 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  30.82 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  28.92 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  29.01 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  30.26 
 
 		 173 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>