More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0098 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  78.03 
 
 		 317 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  78.03 
 
 		 305 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.61 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  69.02 
 
 		 306 aa  414  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.55 
 
 		 338 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.44 
 
 		 328 aa  319  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.84 
 
 		 294 aa  315  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.45 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.79 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.45 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.05 
 
 		 342 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  52.25 
 
 		 310 aa  231  8.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.52 
 
 		 304 aa  225  9e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.08 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.37 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.99 
 
 		 270 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.86 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.96 
 
 		 316 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.89 
 
 		 318 aa  215  7e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.86 
 
 		 324 aa  215  8e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.97 
 
 		 315 aa  212  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.6 
 
 		 374 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.45 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.74 
 
 		 327 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.93 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.77 
 
 		 332 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.5 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.72 
 
 		 316 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  38.89 
 
 		 179 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  38.27 
 
 		 203 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  35.54 
 
 		 591 aa  95.9  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  37.01 
 
 		 183 aa  95.5  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  35.21 
 
 		 199 aa  94.4  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  37.89 
 
 		 201 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  37.89 
 
 		 200 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.33 
 
 		 579 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30.25 
 
 		 171 aa  92.4  8e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.33 
 
 		 604 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  35.33 
 
 		 579 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 219 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  37.65 
 
 		 173 aa  92  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  33.92 
 
 		 191 aa  92  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  39.6 
 
 		 187 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.03 
 
 		 170 aa  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.78 
 
 		 170 aa  90.1  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34.04 
 
 		 168 aa  90.1  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 172 aa  90.1  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.84 
 
 		 594 aa  89.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.19 
 
 		 177 aa  89.4  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  38.69 
 
 		 176 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  35.48 
 
 		 168 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  33.95 
 
 		 174 aa  89  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  38.03 
 
 		 191 aa  89  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.4 
 
 		 170 aa  88.2  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.14 
 
 		 208 aa  88.2  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  29.27 
 
 		 171 aa  87.8  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.67 
 
 		 173 aa  87.8  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  33.91 
 
 		 190 aa  87.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.76 
 
 		 184 aa  87.4  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  35.86 
 
 		 216 aa  87  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  36.91 
 
 		 175 aa  85.5  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  34.97 
 
 		 179 aa  85.5  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.62 
 
 		 188 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  32.76 
 
 		 199 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  36.18 
 
 		 179 aa  85.1  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  33.33 
 
 		 184 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  33.33 
 
 		 190 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  32.92 
 
 		 181 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  37.32 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  35.76 
 
 		 552 aa  84.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  32.88 
 
 		 176 aa  84.7  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 462 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  34.18 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  34.39 
 
 		 184 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  33.53 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  32.72 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  31.36 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.11 
 
 		 593 aa  83.6  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  33.76 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  32.52 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  32.56 
 
 		 192 aa  83.2  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  33.33 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  35.33 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  36.63 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  33.12 
 
 		 169 aa  82  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  32.67 
 
 		 176 aa  81.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  33.13 
 
 		 175 aa  82  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  33.13 
 
 		 175 aa  82  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  35.57 
 
 		 172 aa  82  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34 
 
 		 192 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  33.77 
 
 		 190 aa  82  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  31.33 
 
 		 195 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  33.12 
 
 		 199 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  33.14 
 
 		 171 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  29.88 
 
 		 172 aa  82  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>