More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2388 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  96.32 
 
 		 299 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.13 
 
 		 294 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.26 
 
 		 328 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.85 
 
 		 338 aa  348  9e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.65 
 
 		 306 aa  335  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.49 
 
 		 305 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.14 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.45 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.45 
 
 		 317 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.65 
 
 		 342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.15 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.65 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.52 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.68 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.53 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.61 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.22 
 
 		 324 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 374 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.8 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.03 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.84 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.42 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.05 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.4 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.18 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.23 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.61 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  36.52 
 
 		 201 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  36.57 
 
 		 203 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  36.36 
 
 		 200 aa  99  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.9 
 
 		 552 aa  97.4  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  35.12 
 
 		 591 aa  95.9  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  36.9 
 
 		 191 aa  94.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  34.52 
 
 		 196 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  35.29 
 
 		 173 aa  92.4  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.93 
 
 		 199 aa  92  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.8 
 
 		 206 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  34.91 
 
 		 192 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  33.93 
 
 		 196 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  37.36 
 
 		 224 aa  91.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  35.5 
 
 		 195 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  36.05 
 
 		 179 aa  90.9  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.23 
 
 		 593 aa  89.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  39.16 
 
 		 206 aa  89.4  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.29 
 
 		 579 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  34.32 
 
 		 197 aa  89  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  36.87 
 
 		 200 aa  88.6  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 579 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  36.87 
 
 		 217 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  36.9 
 
 		 175 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 604 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  87.4  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  34.36 
 
 		 163 aa  88.2  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 173 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 173 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 173 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 173 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.57 
 
 		 173 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 173 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.57 
 
 		 225 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.35 
 
 		 594 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 225 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.57 
 
 		 225 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.77 
 
 		 183 aa  86.3  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  32.95 
 
 		 216 aa  86.7  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.58 
 
 		 170 aa  86.3  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  34.68 
 
 		 173 aa  85.9  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  36 
 
 		 615 aa  85.5  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  33.73 
 
 		 172 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30 
 
 		 171 aa  84.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  34.68 
 
 		 173 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  37.72 
 
 		 173 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  36.84 
 
 		 198 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  35.88 
 
 		 179 aa  84.3  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.09 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  36.09 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  36.05 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  37.11 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  29.31 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  34.32 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  36.31 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.25 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  30.41 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.91 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  34.52 
 
 		 171 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.14 
 
 		 208 aa  81.6  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>