More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_407 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  100 
 
 		 176 aa  361  2e-99  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  88.07 
 
 		 176 aa  323  7e-88  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  86.93 
 
 		 176 aa  315  2e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  37.87 
 
 		 170 aa  123  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  38.27 
 
 		 185 aa  122  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 166 aa  119  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  40.96 
 
 		 168 aa  117  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  37.28 
 
 		 170 aa  117  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  38.65 
 
 		 188 aa  115  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  39.29 
 
 		 172 aa  115  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.54 
 
 		 169 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 189 aa  114  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.53 
 
 		 173 aa  114  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  36.36 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  34.34 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  40.24 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  35.76 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.88 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  42.14 
 
 		 180 aa  112  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  38.04 
 
 		 165 aa  112  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  39.87 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  35.62 
 
 		 171 aa  111  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  40 
 
 		 181 aa  110  8.000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  40 
 
 		 172 aa  110  9e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  38.79 
 
 		 165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  36.16 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  38.79 
 
 		 165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  42.55 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  35.15 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  39.76 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  37.42 
 
 		 165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  34.71 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  32.74 
 
 		 186 aa  108  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  35.76 
 
 		 184 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.06 
 
 		 190 aa  108  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  35.33 
 
 		 196 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  36.71 
 
 		 169 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  36.81 
 
 		 165 aa  108  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  32.74 
 
 		 186 aa  108  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  36.53 
 
 		 168 aa  108  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  37.84 
 
 		 184 aa  108  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  36.81 
 
 		 165 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  36.81 
 
 		 165 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  35.76 
 
 		 195 aa  107  9.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.32 
 
 		 182 aa  107  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  33.92 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.75 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.02 
 
 		 199 aa  105  2e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  35.15 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  36.08 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  39.19 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  33.33 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  40.14 
 
 		 182 aa  105  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  34.46 
 
 		 199 aa  105  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  34.15 
 
 		 170 aa  105  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  33.94 
 
 		 177 aa  105  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  33.33 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  36.2 
 
 		 170 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  34.76 
 
 		 168 aa  104  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  38.1 
 
 		 175 aa  104  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  34.55 
 
 		 167 aa  103  9e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  32.94 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  33.94 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  34.3 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  35.15 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.14 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  35.58 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  34.48 
 
 		 264 aa  102  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.66 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  34.73 
 
 		 176 aa  102  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 454 aa  103  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.94 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  38.27 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  36.08 
 
 		 169 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  32.74 
 
 		 175 aa  101  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.84 
 
 		 184 aa  101  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  32.89 
 
 		 181 aa  101  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  33.56 
 
 		 190 aa  101  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  32.78 
 
 		 197 aa  100  7e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  37.18 
 
 		 156 aa  100  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  34.69 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  32.78 
 
 		 190 aa  99.4  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  35.4 
 
 		 191 aa  99.4  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  34 
 
 		 229 aa  99  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  38.73 
 
 		 192 aa  99.4  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.33 
 
 		 179 aa  98.6  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  33.53 
 
 		 199 aa  98.6  4e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  35.15 
 
 		 169 aa  98.6  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.9 
 
 		 183 aa  98.6  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  32.22 
 
 		 180 aa  98.2  6e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 169 aa  97.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  36.88 
 
 		 187 aa  97.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  34.32 
 
 		 176 aa  97.8  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.14 
 
 		 593 aa  97.8  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>