More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4543 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  100 
 
 		 176 aa  348  2e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  67.26 
 
 		 173 aa  230  7.000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  53.05 
 
 		 177 aa  136  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  47.56 
 
 		 177 aa  136  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  43.11 
 
 		 181 aa  134  6.0000000000000005e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  43.37 
 
 		 172 aa  130  7.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  41.82 
 
 		 181 aa  128  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  44.72 
 
 		 229 aa  127  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  45.24 
 
 		 175 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  43.71 
 
 		 192 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  43.83 
 
 		 190 aa  126  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  41.04 
 
 		 184 aa  126  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  48.68 
 
 		 182 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  41.61 
 
 		 186 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  45.45 
 
 		 180 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  40.99 
 
 		 186 aa  125  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  42.01 
 
 		 172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  42.86 
 
 		 172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  43.21 
 
 		 169 aa  125  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  44.74 
 
 		 209 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  44.74 
 
 		 184 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  44.74 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  44.74 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  44.74 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  44.74 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  44.74 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  44.08 
 
 		 199 aa  124  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.88 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  39.75 
 
 		 190 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  43.71 
 
 		 184 aa  122  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  43.29 
 
 		 179 aa  123  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  40.62 
 
 		 176 aa  123  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  43.42 
 
 		 183 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  44.51 
 
 		 539 aa  121  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  42.11 
 
 		 179 aa  120  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  42.11 
 
 		 183 aa  120  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.48 
 
 		 182 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  42.07 
 
 		 191 aa  119  3e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  43.23 
 
 		 183 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  44.44 
 
 		 174 aa  118  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.88 
 
 		 190 aa  117  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  44.08 
 
 		 184 aa  117  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  44.08 
 
 		 182 aa  117  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.88 
 
 		 179 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  42.76 
 
 		 184 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.79 
 
 		 195 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  42.24 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  39.61 
 
 		 179 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  46.39 
 
 		 168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  39.52 
 
 		 192 aa  115  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  43.42 
 
 		 184 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.85 
 
 		 199 aa  115  5e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  38.31 
 
 		 179 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  42.77 
 
 		 552 aa  114  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40.37 
 
 		 190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  42.11 
 
 		 183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.51 
 
 		 180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.93 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  38.6 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  45.1 
 
 		 175 aa  112  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  44.14 
 
 		 169 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  41.89 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  43.54 
 
 		 182 aa  111  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  41.61 
 
 		 172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  42.5 
 
 		 172 aa  111  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  35.76 
 
 		 454 aa  111  5e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.26 
 
 		 183 aa  111  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 187 aa  111  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  45.64 
 
 		 175 aa  111  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  41.61 
 
 		 172 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  43.45 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  38.15 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  37.2 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  43.45 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  43.93 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  46.41 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  46.41 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  40.23 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  38.79 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  38.01 
 
 		 178 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  41.03 
 
 		 172 aa  108  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  41.36 
 
 		 172 aa  107  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  43.83 
 
 		 519 aa  107  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  43.79 
 
 		 198 aa  107  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  43.75 
 
 		 176 aa  107  9.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  36.47 
 
 		 176 aa  106  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.52 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  41.18 
 
 		 177 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  36.75 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  42.41 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  34.55 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  41.76 
 
 		 220 aa  106  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  41.29 
 
 		 163 aa  106  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  40.46 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  38.32 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  40.12 
 
 		 204 aa  105  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  39.52 
 
 		 175 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 170 aa  105  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  41.61 
 
 		 579 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>