More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0746 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.25 
 
 		 305 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  73.9 
 
 		 317 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.85 
 
 		 305 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  69.02 
 
 		 305 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.37 
 
 		 294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.65 
 
 		 299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.61 
 
 		 338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.52 
 
 		 328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.65 
 
 		 299 aa  335  7e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.65 
 
 		 299 aa  335  7e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.23 
 
 		 342 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.12 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50.36 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.58 
 
 		 304 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.76 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.97 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.64 
 
 		 270 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.71 
 
 		 317 aa  225  8e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.43 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.21 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.39 
 
 		 324 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.46 
 
 		 374 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.26 
 
 		 324 aa  221  9e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.25 
 
 		 332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.55 
 
 		 327 aa  219  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.76 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.16 
 
 		 323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.75 
 
 		 318 aa  216  4e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  35.29 
 
 		 199 aa  102  7e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  41.78 
 
 		 201 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  36.69 
 
 		 591 aa  102  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.35 
 
 		 179 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  40.13 
 
 		 203 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  34.1 
 
 		 219 aa  100  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  40.13 
 
 		 579 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.36 
 
 		 173 aa  99.8  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  40.41 
 
 		 200 aa  99  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.49 
 
 		 604 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  40.26 
 
 		 191 aa  98.2  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.49 
 
 		 579 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.95 
 
 		 172 aa  96.7  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  35.33 
 
 		 170 aa  96.3  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.47 
 
 		 188 aa  95.9  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36 
 
 		 183 aa  95.5  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  32.67 
 
 		 171 aa  95.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.93 
 
 		 170 aa  94.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  32.6 
 
 		 176 aa  93.6  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  40.85 
 
 		 187 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.33 
 
 		 174 aa  92.4  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  34.78 
 
 		 168 aa  92.4  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.8 
 
 		 208 aa  91.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.67 
 
 		 552 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.73 
 
 		 170 aa  92  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.49 
 
 		 593 aa  90.9  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  33.33 
 
 		 199 aa  91.3  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.09 
 
 		 177 aa  90.9  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  31.55 
 
 		 192 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  33.33 
 
 		 176 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  34.84 
 
 		 191 aa  90.9  3e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  33.33 
 
 		 190 aa  90.5  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  32.98 
 
 		 199 aa  90.5  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30.59 
 
 		 171 aa  89.7  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34 
 
 		 168 aa  89.7  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  33.92 
 
 		 190 aa  89.7  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.32 
 
 		 190 aa  89.4  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.78 
 
 		 172 aa  89.4  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.23 
 
 		 176 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  34.55 
 
 		 175 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.48 
 
 		 169 aa  88.2  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  37.58 
 
 		 182 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 192 aa  87.8  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.66 
 
 		 594 aa  87.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  31.03 
 
 		 181 aa  86.7  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  32.57 
 
 		 181 aa  87  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  32.05 
 
 		 195 aa  87  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  35.17 
 
 		 187 aa  86.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  33.11 
 
 		 184 aa  86.3  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  29.76 
 
 		 179 aa  85.9  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.76 
 
 		 180 aa  86.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  34.1 
 
 		 179 aa  85.9  9e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  33.97 
 
 		 192 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  27.33 
 
 		 172 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  34.64 
 
 		 172 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  36.31 
 
 		 178 aa  84.3  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  34.84 
 
 		 183 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 167 aa  84.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  33.53 
 
 		 180 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  32.73 
 
 		 175 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  31.52 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  32.54 
 
 		 181 aa  84.3  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  32.12 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  32.12 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.5 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  35.03 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  34.34 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  32.35 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  32.14 
 
 		 169 aa  83.2  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.44 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  34.15 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>