More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1639 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  100 
 
 		 187 aa  378  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  40.72 
 
 		 168 aa  121  7e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  39.64 
 
 		 177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  35.44 
 
 		 172 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  45.33 
 
 		 175 aa  109  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  40.67 
 
 		 170 aa  108  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40 
 
 		 190 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  39.49 
 
 		 201 aa  107  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 166 aa  107  9.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  37.5 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.31 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  42.95 
 
 		 202 aa  105  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.39 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.12 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 		 462 aa  105  5e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 454 aa  104  7e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.73 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  40 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  40.12 
 
 		 173 aa  102  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  40.83 
 
 		 175 aa  101  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  39.66 
 
 		 188 aa  102  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  37.87 
 
 		 175 aa  101  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  38.22 
 
 		 183 aa  101  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  37.87 
 
 		 169 aa  101  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  40.52 
 
 		 177 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  36.81 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.26 
 
 		 181 aa  100  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 		 458 aa  100  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.63 
 
 		 174 aa  99.8  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  40.59 
 
 		 174 aa  99.4  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.79 
 
 		 172 aa  99.4  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.6 
 
 		 191 aa  98.6  4e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.78 
 
 		 173 aa  99  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  98.6  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  35.37 
 
 		 180 aa  98.2  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  38.12 
 
 		 183 aa  98.2  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  34.91 
 
 		 175 aa  97.8  7e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  34.91 
 
 		 175 aa  97.8  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  38.85 
 
 		 204 aa  97.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  41.06 
 
 		 179 aa  97.8  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.35 
 
 		 181 aa  97.4  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.21 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  38.22 
 
 		 200 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.21 
 
 		 225 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  38.46 
 
 		 163 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 225 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  38.16 
 
 		 174 aa  95.9  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 173 aa  96.3  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.21 
 
 		 225 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.63 
 
 		 172 aa  95.5  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  35.63 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  35.63 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  35.63 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  35.63 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  35.63 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  95.1  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.13 
 
 		 179 aa  94.7  6e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  37.71 
 
 		 184 aa  94.4  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  39.26 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  34.23 
 
 		 180 aa  94  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.47 
 
 		 168 aa  94  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.76 
 
 		 190 aa  94.4  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  37.58 
 
 		 205 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.42 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.79 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  34.86 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  38.06 
 
 		 180 aa  92.8  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  36.94 
 
 		 206 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  35.62 
 
 		 184 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  37.06 
 
 		 189 aa  92.4  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  36.9 
 
 		 176 aa  92  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  33.96 
 
 		 200 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  35.5 
 
 		 192 aa  91.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  36.08 
 
 		 229 aa  91.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.34 
 
 		 182 aa  92  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.18 
 
 		 192 aa  91.7  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  36.84 
 
 		 182 aa  91.7  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  35.93 
 
 		 171 aa  91.3  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  37.97 
 
 		 173 aa  91.3  8e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  33.96 
 
 		 201 aa  91.3  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.44 
 
 		 342 aa  91.3  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  32.32 
 
 		 186 aa  90.5  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  39.22 
 
 		 163 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  37.75 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  34.15 
 
 		 179 aa  90.9  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>