More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1555 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  100 
 
 		 170 aa  340  5.999999999999999e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  92.9 
 
 		 170 aa  317  6e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  54.55 
 
 		 168 aa  188  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  55.15 
 
 		 169 aa  188  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  52.83 
 
 		 175 aa  176  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  50.61 
 
 		 175 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  45.29 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  41.61 
 
 		 171 aa  130  7.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  41.98 
 
 		 169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  44.17 
 
 		 172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  41.07 
 
 		 181 aa  128  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  39.89 
 
 		 192 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  43.45 
 
 		 190 aa  127  5.0000000000000004e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  41.1 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  35.98 
 
 		 166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.35 
 
 		 174 aa  125  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  40.48 
 
 		 181 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  37.87 
 
 		 176 aa  123  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  37.65 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  39.16 
 
 		 175 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  39.16 
 
 		 175 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  36.88 
 
 		 172 aa  121  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  36.09 
 
 		 176 aa  120  6e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.93 
 
 		 170 aa  120  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  38.15 
 
 		 176 aa  119  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.84 
 
 		 183 aa  120  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  38.1 
 
 		 168 aa  119  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 219 aa  119  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.92 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.48 
 
 		 177 aa  119  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  36.71 
 
 		 165 aa  118  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  40.82 
 
 		 177 aa  117  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  38.36 
 
 		 165 aa  117  7e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.8 
 
 		 165 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.69 
 
 		 199 aa  116  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.8 
 
 		 165 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  37.58 
 
 		 184 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  36.21 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  36.59 
 
 		 181 aa  115  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  41.07 
 
 		 189 aa  115  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  40.24 
 
 		 179 aa  115  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  36.11 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.19 
 
 		 165 aa  114  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.89 
 
 		 172 aa  114  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.57 
 
 		 165 aa  114  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  36.36 
 
 		 165 aa  114  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  37.58 
 
 		 183 aa  114  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 187 aa  114  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 187 aa  114  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  39.38 
 
 		 190 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  35.33 
 
 		 170 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.19 
 
 		 165 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  35.76 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.69 
 
 		 191 aa  113  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  38.82 
 
 		 182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  36.59 
 
 		 181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  35.76 
 
 		 183 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  38.24 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.13 
 
 		 172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  35.33 
 
 		 192 aa  112  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  37.06 
 
 		 277 aa  111  4.0000000000000004e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  36.09 
 
 		 167 aa  111  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.21 
 
 		 229 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  33.54 
 
 		 165 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  38.1 
 
 		 196 aa  111  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  39.19 
 
 		 180 aa  111  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  37.35 
 
 		 170 aa  111  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  34.15 
 
 		 180 aa  110  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.29 
 
 		 179 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  36.36 
 
 		 174 aa  110  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  35.93 
 
 		 186 aa  110  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  34.15 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.93 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  36.36 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  37.8 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  35.12 
 
 		 169 aa  109  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  36.53 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  36.36 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  40.36 
 
 		 203 aa  108  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  38.69 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  37.35 
 
 		 202 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  40.24 
 
 		 180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  35.15 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  35.06 
 
 		 264 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.42 
 
 		 539 aa  109  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  35.54 
 
 		 190 aa  108  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  34.55 
 
 		 183 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  34.83 
 
 		 188 aa  108  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  35.93 
 
 		 189 aa  108  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.93 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  36.2 
 
 		 171 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  41.36 
 
 		 185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  35.33 
 
 		 186 aa  108  5e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  37.42 
 
 		 185 aa  108  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  37.95 
 
 		 181 aa  107  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  35.15 
 
 		 180 aa  107  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  35.71 
 
 		 192 aa  107  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>