More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0075 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.51 
 
 		 316 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  68.18 
 
 		 324 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  67.25 
 
 		 324 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  66.67 
 
 		 315 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  65.73 
 
 		 318 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  65.03 
 
 		 332 aa  364  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.68 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.59 
 
 		 315 aa  346  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.4 
 
 		 327 aa  346  3e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.87 
 
 		 317 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.82 
 
 		 316 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.8 
 
 		 309 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.54 
 
 		 342 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.58 
 
 		 306 aa  235  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.41 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.21 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.76 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.29 
 
 		 317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.52 
 
 		 305 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.15 
 
 		 270 aa  221  9e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.98 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.61 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.61 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.47 
 
 		 328 aa  199  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.88 
 
 		 294 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.12 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.07 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  32.92 
 
 		 171 aa  98.6  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  35.54 
 
 		 591 aa  97.4  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.77 
 
 		 168 aa  94.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  38.16 
 
 		 169 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.85 
 
 		 171 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  35.62 
 
 		 179 aa  92.8  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  32.4 
 
 		 199 aa  89  9e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.84 
 
 		 184 aa  88.2  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  38.1 
 
 		 183 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.14 
 
 		 208 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  35.47 
 
 		 170 aa  87  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.67 
 
 		 172 aa  87.4  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.74 
 
 		 593 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 175 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 175 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  32.45 
 
 		 179 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  35.26 
 
 		 178 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  34.64 
 
 		 171 aa  84.3  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  36.14 
 
 		 201 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.84 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  35.54 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  35.26 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  32.19 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 594 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  33.56 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.67 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  32.88 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  34.72 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  32.69 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  33.75 
 
 		 181 aa  81.6  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  39.33 
 
 		 552 aa  81.6  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  33.74 
 
 		 174 aa  81.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  31.93 
 
 		 170 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.1 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  34.71 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  32.47 
 
 		 161 aa  80.9  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.3 
 
 		 604 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  33.12 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  32.12 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  32.89 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.3 
 
 		 579 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  39.86 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.62 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  32.47 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  33.97 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  30.9 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  36.3 
 
 		 579 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  37.84 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  32.88 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  33.55 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  30.86 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  33.55 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.13 
 
 		 462 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  30.25 
 
 		 176 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  28.95 
 
 		 172 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  30.32 
 
 		 185 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  33.12 
 
 		 161 aa  78.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.64 
 
 		 171 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  37.32 
 
 		 187 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.48 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.33 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  32.7 
 
 		 182 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  35.1 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  31.58 
 
 		 186 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  33.79 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.21 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  31.48 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  29.68 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  31.76 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  29.68 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  26.88 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>