More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3658 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  638    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.9 
 
 		 324 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  73.72 
 
 		 324 aa  479  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.81 
 
 		 332 aa  455  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  73.56 
 
 		 316 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  65.73 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.99 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.18 
 
 		 374 aa  342  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.58 
 
 		 327 aa  338  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.6 
 
 		 315 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.38 
 
 		 317 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  49.67 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.66 
 
 		 316 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.87 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.1 
 
 		 342 aa  221  9e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.98 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.9 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.25 
 
 		 305 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.75 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.89 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.52 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.49 
 
 		 270 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.41 
 
 		 338 aa  195  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.03 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.87 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.06 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.55 
 
 		 172 aa  98.2  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  39.38 
 
 		 187 aa  96.7  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.33 
 
 		 168 aa  92  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.69 
 
 		 591 aa  90.1  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.5 
 
 		 216 aa  90.1  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.46 
 
 		 593 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  30.92 
 
 		 171 aa  88.6  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.73 
 
 		 173 aa  88.6  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  34.13 
 
 		 191 aa  88.6  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  35.33 
 
 		 179 aa  88.6  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.49 
 
 		 594 aa  87.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.5 
 
 		 184 aa  87  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  36.81 
 
 		 203 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  30.13 
 
 		 185 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  32.43 
 
 		 195 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  28.86 
 
 		 172 aa  84.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  35.57 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.06 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.79 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  29.49 
 
 		 185 aa  82.4  0.000000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  28.12 
 
 		 185 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  31.36 
 
 		 199 aa  81.6  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  29.49 
 
 		 185 aa  82.4  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  34.27 
 
 		 198 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  35.81 
 
 		 201 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  35.92 
 
 		 172 aa  81.6  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  31.79 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  33.55 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.84 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  28.31 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  35.26 
 
 		 552 aa  80.5  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  31.98 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  31.98 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.27 
 
 		 579 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.27 
 
 		 604 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  30.28 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  33.55 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  35.67 
 
 		 173 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.88 
 
 		 206 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  27.74 
 
 		 171 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  28.06 
 
 		 207 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.27 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  33.94 
 
 		 175 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  26.44 
 
 		 174 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  30.92 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  26.44 
 
 		 174 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  30.92 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.55 
 
 		 170 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.25 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  33.56 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.33 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  31.61 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  30.72 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  31.03 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  30.41 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  31.76 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  30.34 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  27.71 
 
 		 176 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  35.76 
 
 		 176 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  34.73 
 
 		 182 aa  75.9  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  29.68 
 
 		 165 aa  74.3  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  30.32 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  32.88 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  29.78 
 
 		 187 aa  74.7  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  30.51 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  30.95 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  29.34 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  41.8 
 
 		 171 aa  73.6  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  31.82 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  30.81 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  30.72 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>