More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1326 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  82.13 
 
 		 316 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.69 
 
 		 327 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.89 
 
 		 315 aa  299  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.16 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.99 
 
 		 317 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.64 
 
 		 316 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.56 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.8 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.03 
 
 		 324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50.35 
 
 		 324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  49.68 
 
 		 318 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50.35 
 
 		 332 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  52.14 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.67 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.86 
 
 		 342 aa  232  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.67 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.61 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.97 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.13 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.07 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.37 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.4 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.15 
 
 		 299 aa  201  9e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.02 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.53 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.53 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.42 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.21 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  40.51 
 
 		 198 aa  102  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  35.98 
 
 		 200 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  34.73 
 
 		 591 aa  93.6  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  32.03 
 
 		 171 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  35.98 
 
 		 201 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.12 
 
 		 199 aa  90.1  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.76 
 
 		 208 aa  90.1  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.32 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.5 
 
 		 179 aa  88.2  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34 
 
 		 593 aa  87.4  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.03 
 
 		 604 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.03 
 
 		 579 aa  87  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.97 
 
 		 579 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.06 
 
 		 175 aa  86.3  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.06 
 
 		 175 aa  86.3  6e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.67 
 
 		 172 aa  86.3  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  33.95 
 
 		 179 aa  85.5  9e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  36.3 
 
 		 187 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.42 
 
 		 552 aa  83.6  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  34.41 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  36.67 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 177 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  34.19 
 
 		 184 aa  80.9  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  30.46 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  26.63 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  26.63 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  33.12 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  26.32 
 
 		 172 aa  79  0.00000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  39.75 
 
 		 235 aa  78.6  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  32.57 
 
 		 181 aa  78.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  28.72 
 
 		 197 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  33.33 
 
 		 209 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  32.16 
 
 		 191 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  28.48 
 
 		 167 aa  77.8  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  34.38 
 
 		 172 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  30.23 
 
 		 190 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  37.76 
 
 		 183 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  28.57 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.56 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.59 
 
 		 171 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.76 
 
 		 174 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  30.52 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  32.67 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  35.93 
 
 		 166 aa  77.4  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  30.46 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  30.41 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  30.32 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  32.21 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  33.11 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.97 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  29.82 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  30.77 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  28.57 
 
 		 168 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.16 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  32.91 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  30.41 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  32.12 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  31.93 
 
 		 615 aa  75.1  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  34.16 
 
 		 172 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  31.13 
 
 		 193 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  31.13 
 
 		 181 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  34.76 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 173 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  33.55 
 
 		 163 aa  75.1  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  34.15 
 
 		 173 aa  75.5  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  34.73 
 
 		 183 aa  75.1  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>