More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0092 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  634    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  78.57 
 
 		 315 aa  459  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.69 
 
 		 324 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  74.06 
 
 		 324 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.51 
 
 		 304 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  73.56 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.47 
 
 		 332 aa  407  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.13 
 
 		 374 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  63.67 
 
 		 327 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.13 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.51 
 
 		 317 aa  359  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.64 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.69 
 
 		 316 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.34 
 
 		 342 aa  231  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.82 
 
 		 310 aa  225  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.01 
 
 		 323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.27 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.4 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.75 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.72 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.76 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.14 
 
 		 270 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.81 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.03 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.03 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.32 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.49 
 
 		 338 aa  189  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.91 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  32.68 
 
 		 168 aa  96.3  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  34.87 
 
 		 171 aa  95.9  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  37.95 
 
 		 179 aa  95.1  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.92 
 
 		 208 aa  92.4  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  28.67 
 
 		 172 aa  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  35.06 
 
 		 199 aa  91.3  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30.57 
 
 		 171 aa  90.1  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  38.16 
 
 		 169 aa  89.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  31.17 
 
 		 172 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  34.15 
 
 		 591 aa  86.3  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  32.43 
 
 		 196 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  28.05 
 
 		 166 aa  84  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.08 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  29.94 
 
 		 185 aa  82.8  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  35.71 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32 
 
 		 593 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.93 
 
 		 184 aa  81.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  33.33 
 
 		 187 aa  81.6  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34.32 
 
 		 200 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  33.88 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  34.21 
 
 		 174 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  32.05 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  32.05 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.84 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  35.53 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  35.71 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  34.21 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  29.88 
 
 		 185 aa  79.7  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  34.44 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  31.79 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.48 
 
 		 171 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  34.1 
 
 		 175 aa  79  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.9 
 
 		 182 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 552 aa  79  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  31.13 
 
 		 179 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  32.4 
 
 		 199 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  32.53 
 
 		 198 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  33.15 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  33.15 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  33.15 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 170 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  33.15 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.08 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  33.15 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.33 
 
 		 594 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  27.53 
 
 		 185 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.78 
 
 		 579 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  36.24 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.78 
 
 		 604 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  28.38 
 
 		 197 aa  76.6  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  32.92 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  28.49 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.18 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  30.97 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  34.46 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  32.35 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.18 
 
 		 225 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 225 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  31.82 
 
 		 167 aa  75.5  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  31.03 
 
 		 174 aa  75.1  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.18 
 
 		 225 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  32.92 
 
 		 178 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  33.78 
 
 		 579 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  32 
 
 		 192 aa  74.7  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  34 
 
 		 177 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>