More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4657 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  94.43 
 
 		 317 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  85.1 
 
 		 305 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  78.03 
 
 		 305 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.25 
 
 		 306 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.31 
 
 		 328 aa  330  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.86 
 
 		 338 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.1 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.19 
 
 		 299 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.49 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.49 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.12 
 
 		 342 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.67 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.35 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.76 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.15 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50.37 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.48 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.93 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.74 
 
 		 374 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.25 
 
 		 323 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.04 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.9 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.29 
 
 		 327 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.31 
 
 		 324 aa  215  7e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.49 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.32 
 
 		 270 aa  212  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.4 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.57 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 170 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.13 
 
 		 604 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.13 
 
 		 579 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  40.13 
 
 		 579 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  40 
 
 		 203 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  40.13 
 
 		 201 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  40.26 
 
 		 200 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  36.42 
 
 		 170 aa  98.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.25 
 
 		 173 aa  96.7  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  35.57 
 
 		 168 aa  95.9  7e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  41.55 
 
 		 191 aa  94.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.91 
 
 		 593 aa  94  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36 
 
 		 183 aa  93.6  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  32.37 
 
 		 199 aa  93.2  4e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  32.72 
 
 		 172 aa  92.8  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  35.39 
 
 		 192 aa  92.8  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.73 
 
 		 591 aa  92.4  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.19 
 
 		 170 aa  92  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  36.9 
 
 		 179 aa  92  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  38.51 
 
 		 187 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  36.88 
 
 		 188 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  33.14 
 
 		 199 aa  90.5  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  34.66 
 
 		 199 aa  90.1  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  38.41 
 
 		 208 aa  89.7  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  32.95 
 
 		 191 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.84 
 
 		 594 aa  89.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  32.5 
 
 		 219 aa  89.4  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.8 
 
 		 179 aa  89.4  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  29.63 
 
 		 171 aa  89  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  37.33 
 
 		 179 aa  89  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  38.26 
 
 		 182 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  33.54 
 
 		 174 aa  87  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  34.13 
 
 		 171 aa  87  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.13 
 
 		 196 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  37.21 
 
 		 552 aa  86.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  31.58 
 
 		 171 aa  86.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  34.01 
 
 		 187 aa  86.3  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  32.54 
 
 		 196 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  34.48 
 
 		 172 aa  85.5  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  36.59 
 
 		 615 aa  85.9  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.55 
 
 		 174 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  31.76 
 
 		 181 aa  84.7  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  33.14 
 
 		 197 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.12 
 
 		 181 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  29.71 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  33.9 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  31.64 
 
 		 184 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  35.59 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  32.72 
 
 		 168 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  35.57 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  35.59 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  32.34 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  33.75 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  30.1 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0280  Shikimate kinase  35.96 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.129636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  31.9 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  35.19 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  32.17 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  33.53 
 
 		 184 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  33.75 
 
 		 181 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.05 
 
 		 172 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  32.53 
 
 		 180 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  32.47 
 
 		 195 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  35.44 
 
 		 182 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  33.75 
 
 		 193 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  32.24 
 
 		 264 aa  82  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  33.96 
 
 		 178 aa  80.9  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  32.45 
 
 		 190 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  30.36 
 
 		 179 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  31.64 
 
 		 183 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>