More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1763 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  100 
 
 		 264 aa  532  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  67.36 
 
 		 202 aa  266  4e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  71.98 
 
 		 199 aa  266  4e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  66.84 
 
 		 190 aa  259  4e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  66.67 
 
 		 190 aa  255  5e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  63.89 
 
 		 197 aa  236  3e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  60.85 
 
 		 199 aa  234  8e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  42.86 
 
 		 192 aa  135  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  41.18 
 
 		 175 aa  119  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  38.95 
 
 		 166 aa  118  9e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.26 
 
 		 168 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.96 
 
 		 169 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  35.23 
 
 		 173 aa  113  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  39.35 
 
 		 177 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.84 
 
 		 170 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36.52 
 
 		 184 aa  109  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  35.06 
 
 		 170 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.6 
 
 		 174 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  37.28 
 
 		 172 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.16 
 
 		 219 aa  106  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  37.65 
 
 		 165 aa  105  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  37.06 
 
 		 165 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  37.06 
 
 		 165 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.36 
 
 		 190 aa  105  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  41.03 
 
 		 169 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  37.95 
 
 		 207 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  34.57 
 
 		 185 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  36.99 
 
 		 165 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.86 
 
 		 593 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  37.18 
 
 		 172 aa  103  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.97 
 
 		 180 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.48 
 
 		 176 aa  102  5e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  39.64 
 
 		 190 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.16 
 
 		 172 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35.06 
 
 		 176 aa  101  1e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.91 
 
 		 198 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  36.42 
 
 		 170 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.72 
 
 		 181 aa  100  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.42 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  36.42 
 
 		 165 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  33.15 
 
 		 181 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  34.97 
 
 		 181 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.84 
 
 		 190 aa  100  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  34.97 
 
 		 193 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  36.99 
 
 		 165 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  37.35 
 
 		 173 aa  99.8  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.88 
 
 		 165 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  36.42 
 
 		 165 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  35.71 
 
 		 180 aa  99.4  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  33.89 
 
 		 169 aa  99  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.88 
 
 		 165 aa  98.6  8e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  35.03 
 
 		 184 aa  98.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  34.29 
 
 		 175 aa  98.2  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  39.1 
 
 		 169 aa  97.8  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.77 
 
 		 192 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  36.11 
 
 		 176 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  36.47 
 
 		 162 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  35.67 
 
 		 168 aa  97.4  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.6 
 
 		 199 aa  96.3  4e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  36.21 
 
 		 180 aa  96.3  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  32.97 
 
 		 186 aa  96.3  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  35.03 
 
 		 188 aa  96.3  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  36.13 
 
 		 178 aa  95.5  8e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.76 
 
 		 188 aa  95.5  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  35.88 
 
 		 162 aa  95.5  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  35.47 
 
 		 167 aa  95.5  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.55 
 
 		 171 aa  95.5  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  34.48 
 
 		 176 aa  94.7  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  36.9 
 
 		 192 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  36.94 
 
 		 173 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  31.32 
 
 		 181 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.66 
 
 		 187 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.69 
 
 		 539 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  39.39 
 
 		 170 aa  94.7  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  33.33 
 
 		 179 aa  95.1  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  31.87 
 
 		 189 aa  94  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  36.31 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.53 
 
 		 208 aa  94.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.09 
 
 		 187 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.91 
 
 		 191 aa  94.4  2e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  36.6 
 
 		 197 aa  94  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  33.15 
 
 		 168 aa  94  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.06 
 
 		 167 aa  94  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  31.35 
 
 		 186 aa  93.6  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  34.42 
 
 		 206 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  37.64 
 
 		 615 aa  93.6  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  36.36 
 
 		 195 aa  93.6  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  36.71 
 
 		 172 aa  93.6  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  35.71 
 
 		 519 aa  93.2  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.06 
 
 		 172 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  36.81 
 
 		 156 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0187  shikimate kinase  35.88 
 
 		 162 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.521508  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  32.16 
 
 		 175 aa  92.4  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  34.94 
 
 		 229 aa  92.4  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  34.87 
 
 		 196 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.06 
 
 		 172 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  35.71 
 
 		 173 aa  92.4  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  31.82 
 
 		 181 aa  92.4  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  34.87 
 
 		 196 aa  92.4  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>