More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3659 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  100 
 
 		 169 aa  349  1e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  43.29 
 
 		 170 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  41.56 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  43.83 
 
 		 192 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  43.04 
 
 		 172 aa  124  6e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  39.87 
 
 		 186 aa  123  1e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  38.96 
 
 		 168 aa  121  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  39.46 
 
 		 172 aa  110  7.000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  38.12 
 
 		 170 aa  110  7.000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  42.86 
 
 		 202 aa  110  9e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  38.26 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  35.71 
 
 		 165 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  41.77 
 
 		 197 aa  106  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  40.14 
 
 		 168 aa  105  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  40.79 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  41.03 
 
 		 264 aa  105  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  39.61 
 
 		 190 aa  104  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  45.38 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  41.38 
 
 		 551 aa  103  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  39.1 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  39.1 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  38.46 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  38.06 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  39.61 
 
 		 190 aa  102  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.58 
 
 		 170 aa  101  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  37.82 
 
 		 165 aa  101  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  38.06 
 
 		 165 aa  100  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  37.82 
 
 		 165 aa  100  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  34.52 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  36.77 
 
 		 170 aa  98.6  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  39.6 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  36.77 
 
 		 165 aa  98.6  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.67 
 
 		 190 aa  98.6  4e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  37.74 
 
 		 166 aa  98.6  4e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  36.71 
 
 		 173 aa  98.6  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  37.18 
 
 		 176 aa  97.4  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.35 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.84 
 
 		 190 aa  96.7  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.07 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  39.33 
 
 		 177 aa  95.9  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  36.91 
 
 		 191 aa  96.3  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  38.78 
 
 		 174 aa  96.7  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.36 
 
 		 170 aa  96.3  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  37.58 
 
 		 177 aa  95.5  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  39.61 
 
 		 199 aa  95.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  34.64 
 
 		 172 aa  94  9e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  38.26 
 
 		 180 aa  93.6  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  34.87 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.14 
 
 		 310 aa  93.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  34.87 
 
 		 168 aa  94  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  33.77 
 
 		 186 aa  93.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  35.14 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  34.23 
 
 		 199 aa  92.8  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  37.35 
 
 		 185 aa  92.8  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  37.58 
 
 		 170 aa  92.8  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  38.36 
 
 		 156 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  33.78 
 
 		 186 aa  92  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  36.49 
 
 		 172 aa  92  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.41 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.41 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  40.29 
 
 		 161 aa  92  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.41 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  36.75 
 
 		 179 aa  91.7  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.41 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.41 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  34.48 
 
 		 180 aa  91.7  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.53 
 
 		 172 aa  91.7  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.48 
 
 		 171 aa  91.3  6e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.24 
 
 		 172 aa  91.3  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  40.29 
 
 		 161 aa  91.3  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  34.46 
 
 		 170 aa  90.9  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  35.76 
 
 		 175 aa  90.9  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00900  hypothetical protein  34.93 
 
 		 165 aa  90.9  8e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  35.1 
 
 		 176 aa  90.5  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  34.51 
 
 		 163 aa  90.1  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  34 
 
 		 175 aa  90.1  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.73 
 
 		 225 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  36.77 
 
 		 174 aa  89.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  36.11 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.58 
 
 		 174 aa  89.7  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  36.62 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 225 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 225 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  36.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  33.53 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  35.48 
 
 		 174 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  35.48 
 
 		 174 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  35.48 
 
 		 174 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  35.48 
 
 		 174 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>