More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1018 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  349  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  71.84 
 
 		 174 aa  260  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  71.84 
 
 		 174 aa  260  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  71.84 
 
 		 174 aa  258  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  67.65 
 
 		 173 aa  241  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  68.05 
 
 		 173 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  65.68 
 
 		 172 aa  228  4e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  64.12 
 
 		 173 aa  221  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  62.72 
 
 		 173 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  62.5 
 
 		 175 aa  216  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  57.74 
 
 		 170 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  57.65 
 
 		 174 aa  204  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  56.4 
 
 		 181 aa  201  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  56.4 
 
 		 181 aa  200  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  56.4 
 
 		 181 aa  200  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  56.4 
 
 		 181 aa  199  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  55.81 
 
 		 181 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  54.76 
 
 		 174 aa  194  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  51.19 
 
 		 177 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  46.43 
 
 		 202 aa  144  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  41.46 
 
 		 188 aa  144  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  41.32 
 
 		 175 aa  135  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  44.91 
 
 		 180 aa  134  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  42.01 
 
 		 186 aa  125  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.01 
 
 		 186 aa  125  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  39.64 
 
 		 229 aa  120  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  38.24 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.24 
 
 		 172 aa  115  3e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.64 
 
 		 179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.48 
 
 		 174 aa  112  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  40.59 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.72 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  35.29 
 
 		 201 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 539 aa  109  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  37.43 
 
 		 180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  39.52 
 
 		 176 aa  108  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  40.83 
 
 		 182 aa  107  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.37 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.73 
 
 		 165 aa  105  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  35.33 
 
 		 170 aa  104  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.73 
 
 		 165 aa  104  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  36.75 
 
 		 170 aa  104  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.73 
 
 		 165 aa  104  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  41.48 
 
 		 184 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  40.12 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  35.33 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  39.51 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.42 
 
 		 195 aa  102  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.8 
 
 		 167 aa  101  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  101  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.79 
 
 		 183 aa  101  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  101  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.5 
 
 		 182 aa  100  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  35.67 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  40.7 
 
 		 209 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.01 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  36.09 
 
 		 180 aa  99.8  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  40.91 
 
 		 183 aa  99.8  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40.7 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  38.56 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  40.7 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  40.7 
 
 		 199 aa  99.8  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  40.34 
 
 		 183 aa  99.8  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40.7 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40.7 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40.7 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40.7 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 454 aa  99  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  41.86 
 
 		 196 aa  99.4  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.47 
 
 		 169 aa  99  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  35.88 
 
 		 192 aa  98.2  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  32.34 
 
 		 165 aa  97.8  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.33 
 
 		 181 aa  97.8  6e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  41.67 
 
 		 169 aa  97.4  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  36.99 
 
 		 184 aa  97.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  37.57 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  35.5 
 
 		 181 aa  96.7  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  38.69 
 
 		 207 aa  96.7  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  37.57 
 
 		 174 aa  96.3  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  35.5 
 
 		 193 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  36.99 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  38.27 
 
 		 182 aa  95.9  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  34.73 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  37.43 
 
 		 172 aa  96.3  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  36.99 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 175 aa  95.5  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.05 
 
 		 175 aa  95.5  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  36.72 
 
 		 184 aa  95.5  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.73 
 
 		 172 aa  95.5  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  36.09 
 
 		 179 aa  95.5  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  36.47 
 
 		 229 aa  95.5  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>