More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2092 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  100 
 
 		 175 aa  340  4e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  55.23 
 
 		 180 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  50.6 
 
 		 177 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  51.01 
 
 		 202 aa  148  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  44.24 
 
 		 174 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 170 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 174 aa  145  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 174 aa  145  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  46.06 
 
 		 175 aa  145  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  42.51 
 
 		 188 aa  144  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  44.85 
 
 		 172 aa  142  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  44.24 
 
 		 173 aa  142  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  41.61 
 
 		 173 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  41.82 
 
 		 173 aa  137  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  45.96 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  41.32 
 
 		 174 aa  135  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  40.46 
 
 		 229 aa  134  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  41.82 
 
 		 173 aa  131  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 181 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 181 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 174 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  45.33 
 
 		 187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  38.82 
 
 		 170 aa  108  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.5 
 
 		 190 aa  107  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  40.61 
 
 		 168 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  37.42 
 
 		 186 aa  106  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  45.64 
 
 		 176 aa  106  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  37.25 
 
 		 181 aa  106  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  36.77 
 
 		 186 aa  103  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  38.96 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  45.27 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.89 
 
 		 170 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  43.26 
 
 		 179 aa  101  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  38.18 
 
 		 175 aa  100  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  32.94 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.08 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  40.56 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.57 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  38.51 
 
 		 179 aa  99.8  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  99.8  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.03 
 
 		 190 aa  100  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  40.23 
 
 		 183 aa  99.8  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  35.85 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  35.98 
 
 		 173 aa  99.4  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  34.94 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.36 
 
 		 199 aa  98.6  4e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  35.37 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  35.85 
 
 		 225 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  40.28 
 
 		 175 aa  98.2  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  35.85 
 
 		 225 aa  98.2  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  38.01 
 
 		 192 aa  98.2  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  38.19 
 
 		 181 aa  97.8  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  35.85 
 
 		 225 aa  98.2  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  35.58 
 
 		 172 aa  98.2  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  36.13 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  32 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.37 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  34.94 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  36.49 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  36.97 
 
 		 191 aa  96.7  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.12 
 
 		 172 aa  96.3  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  43.57 
 
 		 178 aa  96.7  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  36.18 
 
 		 169 aa  95.9  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  40.49 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  43.14 
 
 		 173 aa  96.3  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  96.7  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  34.94 
 
 		 180 aa  95.9  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 171 aa  95.5  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  36.84 
 
 		 168 aa  95.9  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  34.68 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.18 
 
 		 190 aa  95.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  30.18 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  37.79 
 
 		 179 aa  94  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>