More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2181 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  100 
 
 		 202 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  56.55 
 
 		 172 aa  181  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  55.75 
 
 		 175 aa  180  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  54.97 
 
 		 173 aa  174  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  50.59 
 
 		 170 aa  169  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  54.39 
 
 		 173 aa  169  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  51.79 
 
 		 174 aa  168  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  50.59 
 
 		 174 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  51.18 
 
 		 174 aa  164  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  51.18 
 
 		 174 aa  164  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  52.38 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  52.38 
 
 		 173 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  50.33 
 
 		 188 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  57.52 
 
 		 177 aa  157  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  49.12 
 
 		 180 aa  152  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  51.01 
 
 		 175 aa  148  6e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  43.86 
 
 		 181 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  43.86 
 
 		 181 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  46.43 
 
 		 174 aa  144  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  43.86 
 
 		 181 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  43.86 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  43.86 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  47.24 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  45.83 
 
 		 201 aa  132  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  45.1 
 
 		 229 aa  120  9e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  41.72 
 
 		 186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  42.38 
 
 		 186 aa  114  8.999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.35 
 
 		 169 aa  108  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 454 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  40.13 
 
 		 170 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.24 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  37.06 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  42.95 
 
 		 187 aa  105  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  40.25 
 
 		 179 aa  104  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 172 aa  104  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  41.89 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.39 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.82 
 
 		 169 aa  104  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.67 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.22 
 
 		 167 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.16 
 
 		 539 aa  102  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  38.42 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.82 
 
 		 170 aa  102  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.1 
 
 		 174 aa  101  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  42.58 
 
 		 192 aa  101  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  36.47 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  36.72 
 
 		 179 aa  100  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  33.79 
 
 		 172 aa  99.4  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  37.79 
 
 		 462 aa  99.4  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  43.57 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  36.96 
 
 		 179 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 171 aa  99.8  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  39.46 
 
 		 177 aa  99  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  34.9 
 
 		 180 aa  98.6  6e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  37.41 
 
 		 179 aa  98.2  8e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  38.96 
 
 		 175 aa  97.4  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 171 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  37.58 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  38.82 
 
 		 179 aa  97.8  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 171 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  40.94 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 171 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  42.47 
 
 		 175 aa  97.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 171 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  38.82 
 
 		 179 aa  97.8  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  39.46 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  38.51 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.18 
 
 		 190 aa  97.1  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 171 aa  97.1  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  38.51 
 
 		 199 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  38.51 
 
 		 209 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  41.22 
 
 		 196 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  36 
 
 		 220 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  39.46 
 
 		 171 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  39.46 
 
 		 171 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  32.43 
 
 		 172 aa  96.7  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  39.46 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  34.23 
 
 		 180 aa  96.3  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  38.96 
 
 		 172 aa  96.3  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  36.14 
 
 		 190 aa  96.3  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.78 
 
 		 171 aa  96.3  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  38.51 
 
 		 183 aa  96.3  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  38.78 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  32.73 
 
 		 175 aa  95.9  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  32.73 
 
 		 175 aa  95.9  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  38.96 
 
 		 183 aa  95.5  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  37.58 
 
 		 182 aa  95.5  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>