More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2728 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  100 
 
 		 180 aa  353  6.999999999999999e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  55.23 
 
 		 175 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  49.1 
 
 		 174 aa  156  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  49.09 
 
 		 170 aa  156  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  49.7 
 
 		 173 aa  154  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  47.9 
 
 		 174 aa  154  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  47.9 
 
 		 174 aa  154  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  49.12 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  47.88 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  47.88 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  52.32 
 
 		 177 aa  148  5e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  47.88 
 
 		 174 aa  148  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 173 aa  145  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  48.52 
 
 		 175 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 181 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  47.31 
 
 		 172 aa  143  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 181 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 181 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 181 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 181 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  44.1 
 
 		 188 aa  141  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  44.91 
 
 		 174 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  42.68 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  44.74 
 
 		 201 aa  122  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  45.45 
 
 		 176 aa  117  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  41.57 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  44.23 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  41.42 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  37.5 
 
 		 182 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  39.77 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.65 
 
 		 170 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.19 
 
 		 186 aa  107  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  38.12 
 
 		 179 aa  106  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  41.21 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  36.25 
 
 		 172 aa  105  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.51 
 
 		 186 aa  103  9e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  41.03 
 
 		 188 aa  103  9e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.49 
 
 		 181 aa  104  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  39.22 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  38.24 
 
 		 190 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  40.12 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.27 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  39.22 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.24 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.32 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  38.31 
 
 		 183 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  39.49 
 
 		 182 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  38.62 
 
 		 169 aa  101  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.93 
 
 		 170 aa  101  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  37.65 
 
 		 172 aa  101  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.84 
 
 		 184 aa  100  9e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  37.35 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  37.06 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.06 
 
 		 229 aa  99.8  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  34.32 
 
 		 174 aa  98.6  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38 
 
 		 180 aa  98.2  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.34 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  38.36 
 
 		 161 aa  97.8  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  36.2 
 
 		 174 aa  97.4  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  40.25 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  38.27 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  39.58 
 
 		 163 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  36.36 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  38.27 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.13 
 
 		 177 aa  96.3  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  36.42 
 
 		 172 aa  95.9  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.13 
 
 		 170 aa  95.9  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  32.54 
 
 		 181 aa  95.9  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  39.88 
 
 		 196 aa  95.9  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.66 
 
 		 187 aa  95.5  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.66 
 
 		 187 aa  95.5  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  39.24 
 
 		 163 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  39.52 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.38 
 
 		 183 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  38.57 
 
 		 190 aa  94.7  5e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  38.67 
 
 		 183 aa  95.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.33 
 
 		 190 aa  94.4  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  32.26 
 
 		 171 aa  94  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  38.57 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  37.76 
 
 		 168 aa  94  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.69 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  35.06 
 
 		 177 aa  92.8  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  33.53 
 
 		 192 aa  92.8  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  35.06 
 
 		 184 aa  92.8  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  35.06 
 
 		 199 aa  92.8  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  35.06 
 
 		 177 aa  92.8  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  36.09 
 
 		 175 aa  93.2  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.09 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  35.06 
 
 		 177 aa  92.8  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.03 
 
 		 166 aa  92.8  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  35.71 
 
 		 184 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>