More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1776 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  100 
 
 		 170 aa  346  1e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  62.5 
 
 		 172 aa  219  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  60.59 
 
 		 174 aa  214  4e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  60.59 
 
 		 174 aa  214  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  60.59 
 
 		 174 aa  214  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  57.74 
 
 		 174 aa  211  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  61.21 
 
 		 175 aa  210  7.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 173 aa  197  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  53.57 
 
 		 173 aa  189  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  52.98 
 
 		 173 aa  187  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  52.98 
 
 		 173 aa  181  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  49.69 
 
 		 174 aa  174  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  49.4 
 
 		 174 aa  173  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  47.62 
 
 		 181 aa  170  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  47.62 
 
 		 181 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  47.62 
 
 		 181 aa  170  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  47.62 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  47.62 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  49.08 
 
 		 174 aa  170  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  50.59 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  46.63 
 
 		 188 aa  160  9e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  48.82 
 
 		 177 aa  160  9e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  49.09 
 
 		 180 aa  156  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 175 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  44.91 
 
 		 201 aa  137  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  41.32 
 
 		 229 aa  134  8e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  38.32 
 
 		 186 aa  114  7.999999999999999e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  40.13 
 
 		 176 aa  112  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  36.53 
 
 		 186 aa  108  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.13 
 
 		 174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  40.67 
 
 		 187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  38.67 
 
 		 179 aa  103  8e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  101  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  34.87 
 
 		 184 aa  100  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  35.93 
 
 		 190 aa  100  8e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.43 
 
 		 179 aa  99.4  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  99  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.28 
 
 		 167 aa  98.6  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  36.13 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.81 
 
 		 177 aa  98.6  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.92 
 
 		 184 aa  98.6  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  34.55 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  34.55 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  97.8  6e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.13 
 
 		 190 aa  97.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  97.4  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  97.1  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.3 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  36.67 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  33.74 
 
 		 195 aa  96.3  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  33.94 
 
 		 170 aa  95.5  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  32.75 
 
 		 179 aa  95.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  32.75 
 
 		 179 aa  95.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.67 
 
 		 454 aa  94.7  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  94.7  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.31 
 
 		 172 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  32.16 
 
 		 170 aa  94.7  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.99 
 
 		 179 aa  94.4  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  32.73 
 
 		 165 aa  93.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.33 
 
 		 181 aa  94  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  35.06 
 
 		 229 aa  93.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.29 
 
 		 182 aa  93.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.94 
 
 		 539 aa  93.2  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.21 
 
 		 183 aa  93.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  36.08 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 175 aa  92.4  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 175 aa  92.4  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  34.62 
 
 		 156 aa  92  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.46 
 
 		 191 aa  92  3e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40.24 
 
 		 173 aa  92  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.12 
 
 		 172 aa  92  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  32.93 
 
 		 187 aa  91.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  35.66 
 
 		 181 aa  92  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  34.16 
 
 		 165 aa  91.7  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  32.2 
 
 		 188 aa  91.3  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 187 aa  91.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  32.21 
 
 		 180 aa  91.3  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  36.24 
 
 		 172 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  34.81 
 
 		 179 aa  91.3  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  34.73 
 
 		 172 aa  90.9  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.33 
 
 		 174 aa  90.9  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.12 
 
 		 182 aa  90.1  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  37.67 
 
 		 551 aa  90.1  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  34.73 
 
 		 199 aa  89.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  33.77 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1039  Shikimate kinase  37.12 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0118821  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  33.77 
 
 		 184 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  35.93 
 
 		 172 aa  88.6  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  33.77 
 
 		 183 aa  89  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.13 
 
 		 462 aa  89  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>