More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1377 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  100 
 
 		 201 aa  408  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  46.49 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  43.53 
 
 		 175 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  44.91 
 
 		 170 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  45.96 
 
 		 175 aa  137  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  42.01 
 
 		 174 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  45.83 
 
 		 202 aa  132  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  43.29 
 
 		 173 aa  132  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  42.68 
 
 		 172 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  41.88 
 
 		 188 aa  128  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  44.79 
 
 		 177 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  38.92 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  41.32 
 
 		 174 aa  123  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  38.92 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  38.92 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  40.85 
 
 		 174 aa  123  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  41.32 
 
 		 174 aa  123  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  38.92 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  44.74 
 
 		 180 aa  122  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  38.92 
 
 		 181 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  40 
 
 		 173 aa  122  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  41.07 
 
 		 173 aa  122  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  39.64 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  38.92 
 
 		 169 aa  111  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  35.29 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  37.35 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  39.49 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  36.75 
 
 		 174 aa  105  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 462 aa  103  2e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  39.86 
 
 		 170 aa  99  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.46 
 
 		 170 aa  99  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  43.44 
 
 		 172 aa  98.2  7e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  40.32 
 
 		 192 aa  98.2  7e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.26 
 
 		 187 aa  97.1  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  36.26 
 
 		 187 aa  97.1  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36.42 
 
 		 175 aa  95.9  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.82 
 
 		 184 aa  95.9  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  38.41 
 
 		 179 aa  94.4  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  35.21 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  32.45 
 
 		 180 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  33.53 
 
 		 185 aa  92.4  4e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  37.41 
 
 		 183 aa  92.4  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.88 
 
 		 168 aa  92  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 		 458 aa  90.5  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  32.1 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  31.95 
 
 		 172 aa  89.7  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  33.54 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.36 
 
 		 181 aa  89  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  38 
 
 		 184 aa  89  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  34.73 
 
 		 174 aa  88.6  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  33.14 
 
 		 171 aa  88.6  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  34.76 
 
 		 172 aa  87.8  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  34.12 
 
 		 199 aa  87.8  9e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  38.73 
 
 		 178 aa  87.8  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  30.18 
 
 		 172 aa  87.8  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  31.55 
 
 		 166 aa  87.4  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  33.1 
 
 		 175 aa  87.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  33.1 
 
 		 175 aa  87.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  30.18 
 
 		 174 aa  87.4  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  32.2 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.24 
 
 		 191 aa  87  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  38.41 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  41.26 
 
 		 175 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  33.14 
 
 		 184 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  35.8 
 
 		 167 aa  85.9  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  33.73 
 
 		 184 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  35.71 
 
 		 177 aa  85.5  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  34.04 
 
 		 186 aa  85.5  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  30.77 
 
 		 174 aa  85.1  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  32.46 
 
 		 208 aa  85.1  7e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  32.48 
 
 		 176 aa  85.1  7e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  28.4 
 
 		 171 aa  84.7  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.52 
 
 		 539 aa  84.7  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  32.26 
 
 		 183 aa  84.7  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  34.04 
 
 		 186 aa  84  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  33.54 
 
 		 165 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  33.93 
 
 		 177 aa  84.3  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  31.58 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  31.48 
 
 		 165 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  32.26 
 
 		 198 aa  83.2  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.49 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.74 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  31.48 
 
 		 168 aa  83.6  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  35.42 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 454 aa  82.8  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  32.9 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.62 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>