More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2174 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  100 
 
 		 172 aa  346  8e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  77.51 
 
 		 175 aa  263  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  65.68 
 
 		 174 aa  228  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  63.95 
 
 		 173 aa  226  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  63.37 
 
 		 173 aa  222  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  62.79 
 
 		 173 aa  222  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  62.5 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  64.29 
 
 		 174 aa  218  3.9999999999999997e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  63.69 
 
 		 174 aa  217  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  63.69 
 
 		 174 aa  217  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  62.13 
 
 		 173 aa  213  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  56.47 
 
 		 174 aa  195  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  56.55 
 
 		 202 aa  181  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  52.17 
 
 		 174 aa  176  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  50.6 
 
 		 181 aa  174  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  50 
 
 		 181 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  50 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  50 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  50 
 
 		 181 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  56.86 
 
 		 177 aa  168  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  48.12 
 
 		 188 aa  157  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  47.31 
 
 		 180 aa  143  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  44.85 
 
 		 175 aa  142  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  42.68 
 
 		 201 aa  130  7.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  44.44 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.69 
 
 		 186 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  38.1 
 
 		 186 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  38.26 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  40.4 
 
 		 179 aa  99.4  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  38.27 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  34.15 
 
 		 176 aa  98.2  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  39.13 
 
 		 190 aa  97.4  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.97 
 
 		 195 aa  97.4  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  32.94 
 
 		 170 aa  95.5  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  35.4 
 
 		 172 aa  95.5  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  35.03 
 
 		 172 aa  95.5  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  38.1 
 
 		 165 aa  94.7  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  37.33 
 
 		 192 aa  94.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  43.42 
 
 		 172 aa  95.1  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  33.14 
 
 		 184 aa  94.4  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  35.81 
 
 		 170 aa  94  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  36.49 
 
 		 165 aa  93.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  36.49 
 
 		 165 aa  93.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  40.4 
 
 		 196 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  35.14 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  34.12 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.93 
 
 		 183 aa  92.4  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 		 457 aa  92.8  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  34.73 
 
 		 170 aa  93.2  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35.81 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  43.24 
 
 		 174 aa  92.8  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.81 
 
 		 165 aa  92  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  33.11 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1039  Shikimate kinase  31.29 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0118821  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.81 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  30.99 
 
 		 169 aa  92  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  32.35 
 
 		 170 aa  92  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  32.93 
 
 		 184 aa  91.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  41.45 
 
 		 172 aa  91.7  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  39.22 
 
 		 179 aa  91.3  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  38 
 
 		 229 aa  91.3  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  34.5 
 
 		 174 aa  91.3  7e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  36.02 
 
 		 167 aa  91.3  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  37.16 
 
 		 175 aa  90.9  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.2 
 
 		 539 aa  90.9  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  38.56 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  37.09 
 
 		 177 aa  90.1  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.1 
 
 		 182 aa  90.1  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 190 aa  90.1  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  33.78 
 
 		 165 aa  90.5  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  30.57 
 
 		 172 aa  90.1  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.33 
 
 		 454 aa  89.4  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  31.72 
 
 		 185 aa  89.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  36.26 
 
 		 169 aa  89  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 175 aa  88.2  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  34.76 
 
 		 175 aa  88.2  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  30.81 
 
 		 166 aa  88.2  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  41.12 
 
 		 165 aa  87.8  6e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  32.53 
 
 		 171 aa  87.8  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  36.26 
 
 		 172 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  41.5 
 
 		 173 aa  87.8  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  36.67 
 
 		 183 aa  87.8  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  33.94 
 
 		 187 aa  87.8  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  34.67 
 
 		 186 aa  87.4  8e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  36.47 
 
 		 190 aa  87.4  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  34.91 
 
 		 192 aa  87.4  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 169 aa  87.4  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  32.5 
 
 		 177 aa  87.4  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  34 
 
 		 462 aa  87  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  41.22 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  41.22 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>