More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1381 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  45.88 
 
 		 174 aa  167  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  48.41 
 
 		 175 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  46.63 
 
 		 170 aa  160  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  50.33 
 
 		 202 aa  160  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  48.12 
 
 		 172 aa  157  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  42.17 
 
 		 174 aa  156  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  45.73 
 
 		 177 aa  156  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  45.73 
 
 		 173 aa  155  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  41.57 
 
 		 174 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  40.36 
 
 		 181 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  40.36 
 
 		 181 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  40.36 
 
 		 181 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  40.36 
 
 		 181 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  42.94 
 
 		 173 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  39.76 
 
 		 181 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  42.68 
 
 		 174 aa  149  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  41.46 
 
 		 174 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  41.46 
 
 		 174 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  42.51 
 
 		 175 aa  144  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  41.46 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  44.1 
 
 		 180 aa  141  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  40 
 
 		 173 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  40.85 
 
 		 173 aa  138  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  41.88 
 
 		 201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  36.02 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  36.05 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  38.82 
 
 		 229 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  39.61 
 
 		 180 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  36.77 
 
 		 172 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  36.77 
 
 		 172 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  36.94 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  35.95 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  35.95 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  35.95 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  35.95 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  37.5 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.16 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  36.99 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  104  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 171 aa  105  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  36.13 
 
 		 172 aa  104  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  38.51 
 
 		 177 aa  105  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  35.06 
 
 		 182 aa  104  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  33.73 
 
 		 188 aa  104  7e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  36.13 
 
 		 172 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  36.13 
 
 		 172 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.93 
 
 		 172 aa  104  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 171 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  35.95 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.64 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  33.55 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  34.55 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 174 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.42 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.42 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  34.39 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  33.76 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  33.93 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  36.36 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  35.76 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.14 
 
 		 175 aa  102  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.14 
 
 		 175 aa  102  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  35.76 
 
 		 183 aa  102  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  34.39 
 
 		 171 aa  101  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 171 aa  101  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  33.99 
 
 		 179 aa  100  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  33.99 
 
 		 179 aa  100  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  34.39 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  33.76 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  32.48 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  35.21 
 
 		 182 aa  99.8  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  36.49 
 
 		 462 aa  100  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  34.18 
 
 		 173 aa  99.8  2e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  32.9 
 
 		 180 aa  99.4  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  36.42 
 
 		 172 aa  99.4  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  33.76 
 
 		 171 aa  98.6  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  35.1 
 
 		 186 aa  98.6  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  34.18 
 
 		 173 aa  98.2  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  37.24 
 
 		 163 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  34.18 
 
 		 173 aa  98.2  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  32.91 
 
 		 172 aa  97.8  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  35.1 
 
 		 184 aa  97.8  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  36 
 
 		 182 aa  97.8  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  34.44 
 
 		 186 aa  97.4  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  32.76 
 
 		 163 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  34.01 
 
 		 454 aa  97.4  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.77 
 
 		 172 aa  96.3  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  35.44 
 
 		 190 aa  96.3  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.54 
 
 		 173 aa  96.3  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>