More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C0486 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  100 
 
 		 181 aa  370  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  100 
 
 		 181 aa  370  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  99.45 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  98.9 
 
 		 181 aa  367  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  99.45 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  74.4 
 
 		 174 aa  270  6e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  73.81 
 
 		 174 aa  268  4e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  66.07 
 
 		 174 aa  236  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  57.14 
 
 		 173 aa  207  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  56.4 
 
 		 174 aa  200  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  52.05 
 
 		 173 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  54.76 
 
 		 174 aa  195  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  50.88 
 
 		 173 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  54.17 
 
 		 174 aa  194  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  54.17 
 
 		 174 aa  194  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  52.38 
 
 		 173 aa  192  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  53.01 
 
 		 175 aa  181  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  50 
 
 		 172 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  47.62 
 
 		 170 aa  170  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  50.3 
 
 		 177 aa  152  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  40.36 
 
 		 188 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  43.86 
 
 		 202 aa  144  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 180 aa  143  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  38.92 
 
 		 201 aa  123  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 175 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  44.1 
 
 		 190 aa  119  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.74 
 
 		 539 aa  117  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.76 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  38.18 
 
 		 229 aa  112  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.55 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  39.05 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  39.41 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  38.32 
 
 		 187 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  38.92 
 
 		 187 aa  107  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  38.46 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  39.02 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.23 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.12 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.73 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  37.93 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.94 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  37.93 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  38.92 
 
 		 181 aa  103  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  37.35 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  36.21 
 
 		 172 aa  101  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.13 
 
 		 181 aa  101  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  36.69 
 
 		 182 aa  101  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.84 
 
 		 195 aa  100  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  35.54 
 
 		 180 aa  99.8  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  36.9 
 
 		 175 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  37.57 
 
 		 184 aa  99  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  38.07 
 
 		 183 aa  98.6  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  33.14 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  37.42 
 
 		 180 aa  96.7  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  35.43 
 
 		 179 aa  97.4  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.8 
 
 		 170 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 167 aa  96.7  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  37.93 
 
 		 172 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  33.93 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  40.48 
 
 		 177 aa  95.9  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.63 
 
 		 172 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.35 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  33.75 
 
 		 454 aa  95.1  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.71 
 
 		 170 aa  95.1  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  37.36 
 
 		 172 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.21 
 
 		 172 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  35.8 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  32.54 
 
 		 179 aa  94.4  8e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  35.8 
 
 		 190 aa  94  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  37.2 
 
 		 163 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.76 
 
 		 165 aa  94  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  34.12 
 
 		 170 aa  94  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.76 
 
 		 165 aa  94  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 462 aa  94  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  33.95 
 
 		 184 aa  92.8  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.76 
 
 		 165 aa  93.6  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.53 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.76 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  35.09 
 
 		 179 aa  93.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  35.09 
 
 		 179 aa  93.6  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  35.88 
 
 		 172 aa  92.4  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.52 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  36.59 
 
 		 163 aa  92  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.76 
 
 		 170 aa  91.3  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  35.29 
 
 		 199 aa  91.3  7e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  35.09 
 
 		 172 aa  91.3  7e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  34.76 
 
 		 165 aa  90.9  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  33.9 
 
 		 186 aa  90.5  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  35.47 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  37.74 
 
 		 179 aa  90.1  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  37.27 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  36.48 
 
 		 179 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>