More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1410 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  100 
 
 		 177 aa  346  1e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  60 
 
 		 175 aa  178  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  56.86 
 
 		 172 aa  168  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  50.89 
 
 		 174 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 174 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 174 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  48.82 
 
 		 170 aa  160  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  51.9 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  57.52 
 
 		 202 aa  157  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 174 aa  157  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  50.6 
 
 		 175 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  45.73 
 
 		 188 aa  156  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  52.98 
 
 		 173 aa  155  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  51.52 
 
 		 173 aa  155  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 181 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  46.67 
 
 		 174 aa  152  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  50.3 
 
 		 181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  49.7 
 
 		 181 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  52.32 
 
 		 180 aa  148  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  49.09 
 
 		 173 aa  145  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  44.79 
 
 		 201 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  42.33 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.48 
 
 		 169 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  44.44 
 
 		 175 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.31 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  43.71 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  39.05 
 
 		 186 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  41.57 
 
 		 195 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.92 
 
 		 190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.05 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  42.04 
 
 		 182 aa  111  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  41.18 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40.91 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  39.52 
 
 		 175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  40 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  44.37 
 
 		 183 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  39.31 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.31 
 
 		 172 aa  104  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.31 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  43.05 
 
 		 190 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  43.14 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.16 
 
 		 180 aa  102  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  40.4 
 
 		 176 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  36.09 
 
 		 167 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  40.4 
 
 		 183 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  39.47 
 
 		 172 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.51 
 
 		 174 aa  100  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  40.4 
 
 		 183 aa  100  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  40.65 
 
 		 172 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  40.65 
 
 		 172 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  40.52 
 
 		 187 aa  100  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  38.82 
 
 		 172 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  41.18 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  39.74 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  35.71 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  34.18 
 
 		 179 aa  99.8  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  39.74 
 
 		 192 aa  99.8  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  39.74 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 454 aa  99.8  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  41.22 
 
 		 180 aa  99.8  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  43.36 
 
 		 179 aa  99.4  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  39.74 
 
 		 209 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.41 
 
 		 539 aa  98.6  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  42.66 
 
 		 179 aa  98.6  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.84 
 
 		 174 aa  98.2  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  39.07 
 
 		 184 aa  98.2  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  33.72 
 
 		 173 aa  98.6  5e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  40.4 
 
 		 183 aa  97.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  40.67 
 
 		 172 aa  97.8  7e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 175 aa  97.4  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.71 
 
 		 175 aa  97.4  9e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  39.46 
 
 		 174 aa  97.4  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  96.7  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  35.26 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>