More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0997 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  100 
 
 
173 aa  357  4e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  95.38 
 
 
173 aa  342  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  69.36 
 
 
173 aa  248  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  70.52 
 
 
173 aa  247  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  67.65 
 
 
174 aa  241  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  65.48 
 
 
174 aa  233  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  65.48 
 
 
174 aa  233  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  64.29 
 
 
174 aa  231  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  63.95 
 
 
172 aa  226  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  63.69 
 
 
175 aa  222  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  54.34 
 
 
174 aa  200  9e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  51.46 
 
 
181 aa  196  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  50.88 
 
 
181 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  50.88 
 
 
181 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  50.88 
 
 
181 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  50.88 
 
 
181 aa  194  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  191  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  51.19 
 
 
174 aa  190  7e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  53.57 
 
 
170 aa  189  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  52.38 
 
 
202 aa  160  9e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  52.98 
 
 
177 aa  155  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  42.94 
 
 
188 aa  151  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  46.67 
 
 
180 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  41.82 
 
 
175 aa  137  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  41.42 
 
 
229 aa  127  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  41.07 
 
 
201 aa  122  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  40.48 
 
 
190 aa  115  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  37.13 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  40 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  36.14 
 
 
186 aa  111  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  36.14 
 
 
186 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.95 
 
 
172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.47 
 
 
179 aa  108  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 
539 aa  107  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  35.29 
 
 
182 aa  105  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.99 
 
 
195 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  34.88 
 
 
179 aa  103  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  35.71 
 
 
184 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.34 
 
 
187 aa  101  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  34.71 
 
 
180 aa  102  4e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.34 
 
 
187 aa  101  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  37.09 
 
 
170 aa  100  7e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.8 
 
 
165 aa  100  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  34.18 
 
 
172 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.8 
 
 
165 aa  100  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35.19 
 
 
165 aa  100  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.14 
 
 
181 aa  100  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.57 
 
 
165 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.94 
 
 
181 aa  100  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  32.94 
 
 
170 aa  100  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  37.9 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.57 
 
 
170 aa  99.8  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.57 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.57 
 
 
165 aa  99  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.76 
 
 
177 aa  99  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  36.81 
 
 
180 aa  99  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  32.53 
 
 
172 aa  99  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.5 
 
 
190 aa  98.6  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  34.94 
 
 
190 aa  98.6  4e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  32.35 
 
 
170 aa  98.6  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  35.67 
 
 
174 aa  98.2  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  32.93 
 
 
165 aa  97.8  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  36.42 
 
 
161 aa  97.8  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  34.18 
 
 
172 aa  97.8  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
454 aa  97.4  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  37.16 
 
 
186 aa  96.7  1e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  31.1 
 
 
165 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  33.33 
 
 
167 aa  97.1  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  38.82 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  34.94 
 
 
172 aa  96.3  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  41.6 
 
 
177 aa  96.3  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  34.94 
 
 
174 aa  96.3  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  33.53 
 
 
169 aa  95.9  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  34.71 
 
 
170 aa  95.9  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  34.52 
 
 
184 aa  96.3  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  35.1 
 
 
163 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  33.93 
 
 
184 aa  96.7  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  33.54 
 
 
180 aa  95.5  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  34.72 
 
 
180 aa  95.9  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  34.36 
 
 
161 aa  94.7  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  35.58 
 
 
183 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  34.39 
 
 
163 aa  94.7  5e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34.57 
 
 
192 aa  94.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  32.93 
 
 
172 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  34.87 
 
 
182 aa  94.7  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  34.88 
 
 
192 aa  94.4  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  29.48 
 
 
172 aa  94.4  8e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  31.61 
 
 
167 aa  94  9e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  33.54 
 
 
172 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  35.47 
 
 
185 aa  93.2  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  34.62 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  32.34 
 
 
172 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  37.93 
 
 
179 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>