More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3282 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  352  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  352  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  98.85 
 
 		 174 aa  350  7e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  71.84 
 
 		 174 aa  260  8.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  65.48 
 
 		 173 aa  235  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  65.48 
 
 		 173 aa  233  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  66.67 
 
 		 173 aa  224  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  65.87 
 
 		 175 aa  223  8e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  64.29 
 
 		 173 aa  221  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  63.69 
 
 		 172 aa  217  7.999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  60.59 
 
 		 170 aa  214  7e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  57.14 
 
 		 174 aa  200  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  54.17 
 
 		 181 aa  194  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  54.17 
 
 		 181 aa  194  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  54.17 
 
 		 181 aa  194  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  53.57 
 
 		 181 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  53.57 
 
 		 181 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  56.1 
 
 		 174 aa  192  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  51.18 
 
 		 202 aa  164  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  50.3 
 
 		 177 aa  164  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  47.9 
 
 		 180 aa  154  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  41.46 
 
 		 188 aa  147  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  43.64 
 
 		 175 aa  145  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  41.32 
 
 		 201 aa  123  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  42 
 
 		 229 aa  121  5e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  42.6 
 
 		 186 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.01 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  40.46 
 
 		 173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.18 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.52 
 
 		 539 aa  111  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  37.13 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  40.72 
 
 		 190 aa  108  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.24 
 
 		 195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  36.99 
 
 		 172 aa  107  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  36.69 
 
 		 184 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  39.41 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  38.24 
 
 		 170 aa  106  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.42 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  42.14 
 
 		 179 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  40.59 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  38.1 
 
 		 167 aa  104  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  38.22 
 
 		 179 aa  104  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  40.88 
 
 		 179 aa  103  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  35.09 
 
 		 170 aa  102  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.1 
 
 		 190 aa  102  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  36.05 
 
 		 182 aa  101  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 174 aa  101  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.71 
 
 		 190 aa  101  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35.54 
 
 		 165 aa  101  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 161 aa  100  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 454 aa  100  9e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  34.5 
 
 		 170 aa  99.8  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.94 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.1 
 
 		 191 aa  99.4  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  39.24 
 
 		 161 aa  99.8  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  39.88 
 
 		 172 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.94 
 
 		 165 aa  99  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  35.47 
 
 		 169 aa  99  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.28 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.94 
 
 		 165 aa  98.6  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  31.55 
 
 		 170 aa  98.2  6e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  39.74 
 
 		 182 aa  98.2  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.54 
 
 		 165 aa  97.8  7e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.29 
 
 		 172 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.54 
 
 		 165 aa  97.8  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.36 
 
 		 181 aa  97.4  8e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  33.73 
 
 		 165 aa  97.4  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  35.15 
 
 		 165 aa  97.4  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  35.93 
 
 		 176 aa  97.1  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.75 
 
 		 192 aa  97.1  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.73 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  38.1 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 462 aa  97.1  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  96.3  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  35.5 
 
 		 173 aa  96.3  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.69 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  95.5  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  33.73 
 
 		 165 aa  95.5  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 225 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.69 
 
 		 225 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>