More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1388 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  46.49 
 
 		 201 aa  169  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  40.46 
 
 		 175 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  41.32 
 
 		 170 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  42.51 
 
 		 175 aa  132  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  43.2 
 
 		 173 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  41.42 
 
 		 173 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  44.44 
 
 		 172 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  42.68 
 
 		 180 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  40.83 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  42.33 
 
 		 177 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  41.88 
 
 		 173 aa  122  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  42.67 
 
 		 174 aa  122  7e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  42 
 
 		 174 aa  121  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  42 
 
 		 174 aa  121  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  39.64 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  45.1 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  40.57 
 
 		 184 aa  118  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  38.46 
 
 		 174 aa  118  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  40 
 
 		 184 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  40 
 
 		 184 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  38.82 
 
 		 188 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  36.6 
 
 		 199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  39.18 
 
 		 183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  36.6 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  38.18 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  37.71 
 
 		 184 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  38.18 
 
 		 181 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  38.18 
 
 		 181 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  38.18 
 
 		 181 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  38.18 
 
 		 181 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  37.71 
 
 		 177 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  37.71 
 
 		 177 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  37.71 
 
 		 177 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  37.71 
 
 		 177 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  37.71 
 
 		 177 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  38.82 
 
 		 183 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  38.24 
 
 		 183 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  41.83 
 
 		 175 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  41.83 
 
 		 175 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.36 
 
 		 192 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40 
 
 		 183 aa  109  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  43.92 
 
 		 177 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  39.52 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  36.75 
 
 		 174 aa  107  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  40.12 
 
 		 190 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  41.1 
 
 		 181 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  38.07 
 
 		 229 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  39.52 
 
 		 169 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 172 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  40.65 
 
 		 196 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  36.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  39.26 
 
 		 169 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  39.26 
 
 		 169 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.02 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.35 
 
 		 174 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.44 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  38.56 
 
 		 181 aa  103  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  38.56 
 
 		 169 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.89 
 
 		 170 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 174 aa  103  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.22 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.22 
 
 		 195 aa  102  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  34.17 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  34.17 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  38.6 
 
 		 182 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  39.22 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  44.06 
 
 		 190 aa  100  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  39.22 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.77 
 
 		 166 aa  100  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  36.81 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  37.93 
 
 		 183 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  36.57 
 
 		 200 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.41 
 
 		 191 aa  99.8  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.84 
 
 		 179 aa  99.8  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  38.18 
 
 		 175 aa  99.4  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.94 
 
 		 593 aa  99.4  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  39.19 
 
 		 176 aa  99  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.53 
 
 		 179 aa  99  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.16 
 
 		 180 aa  99.4  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  36.72 
 
 		 579 aa  99  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.3 
 
 		 199 aa  99  6e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  36.57 
 
 		 201 aa  98.6  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.18 
 
 		 174 aa  99  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  34.5 
 
 		 173 aa  98.6  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  34.5 
 
 		 173 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  34.5 
 
 		 173 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  34.5 
 
 		 173 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  34.5 
 
 		 173 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  33.67 
 
 		 225 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  34.5 
 
 		 173 aa  98.6  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>