More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3110 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  100 
 
 		 174 aa  351  2.9999999999999997e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  40.22 
 
 		 188 aa  117  7e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  41.42 
 
 		 180 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 172 aa  114  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  41.07 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.61 
 
 		 167 aa  112  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  41.07 
 
 		 172 aa  111  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  40.36 
 
 		 170 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  39.16 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.55 
 
 		 170 aa  108  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  40.48 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  43.66 
 
 		 169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  37.06 
 
 		 202 aa  108  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35.4 
 
 		 176 aa  108  5e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  37.13 
 
 		 189 aa  107  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  39.88 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  39.88 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  39.22 
 
 		 175 aa  106  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  40.59 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  39.33 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  39.33 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  39.33 
 
 		 209 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 		 458 aa  104  7e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  35.93 
 
 		 176 aa  103  9e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  33.93 
 
 		 190 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  38.93 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.14 
 
 		 192 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  39.02 
 
 		 163 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  38.26 
 
 		 183 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  36.75 
 
 		 229 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  40.48 
 
 		 462 aa  101  6e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  36.3 
 
 		 188 aa  101  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  37.93 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  31.9 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.76 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  36.78 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  40 
 
 		 163 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  35.84 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.75 
 
 		 168 aa  99  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  35.84 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  38.69 
 
 		 174 aa  98.6  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  33.93 
 
 		 229 aa  98.6  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  35.93 
 
 		 172 aa  98.2  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  37.58 
 
 		 183 aa  98.2  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  34.46 
 
 		 172 aa  98.2  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  39.38 
 
 		 163 aa  97.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  97.8  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  97.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.35 
 
 		 195 aa  97.8  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  97.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  38.26 
 
 		 184 aa  97.8  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  38.92 
 
 		 169 aa  97.4  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  39.46 
 
 		 177 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  38.41 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.12 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.12 
 
 		 172 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  37.72 
 
 		 175 aa  95.5  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  33.73 
 
 		 173 aa  95.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  36.91 
 
 		 184 aa  95.5  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  34.73 
 
 		 173 aa  95.1  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  35.44 
 
 		 179 aa  95.1  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  36.59 
 
 		 180 aa  95.5  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  33.13 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  36.09 
 
 		 190 aa  94.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  37.13 
 
 		 178 aa  94.7  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  32.34 
 
 		 176 aa  94.7  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  35 
 
 		 179 aa  94.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  34.32 
 
 		 174 aa  94.7  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  34.46 
 
 		 175 aa  94.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  35.57 
 
 		 182 aa  94  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  34.13 
 
 		 177 aa  94.4  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.95 
 
 		 539 aa  94  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  37.95 
 
 		 454 aa  93.6  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  34.52 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  36.13 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  36.31 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  39.87 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  34.76 
 
 		 181 aa  92.4  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  92.4  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.53 
 
 		 173 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  37.06 
 
 		 201 aa  92  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  31.52 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  35.58 
 
 		 180 aa  92  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  31.52 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  36.14 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.09 
 
 		 175 aa  92  4e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.09 
 
 		 175 aa  92  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  35.44 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>