More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2486 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  100 
 
 		 192 aa  379  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  45.2 
 
 		 190 aa  140  8e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  42.16 
 
 		 199 aa  138  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  43.41 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  42.86 
 
 		 264 aa  135  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  45.09 
 
 		 169 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  41.38 
 
 		 190 aa  133  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  41.81 
 
 		 197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  46.11 
 
 		 202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  43.43 
 
 		 172 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  46.95 
 
 		 168 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  39.89 
 
 		 170 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  43.83 
 
 		 169 aa  125  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  41.9 
 
 		 181 aa  125  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  40.45 
 
 		 170 aa  125  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  45.22 
 
 		 184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  40.48 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0207  shikimate kinase  47.67 
 
 		 163 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0163563 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  39.78 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  42.29 
 
 		 175 aa  115  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  39.13 
 
 		 172 aa  115  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  39.77 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.16 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.88 
 
 		 166 aa  111  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  47.09 
 
 		 162 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  39.34 
 
 		 191 aa  111  6e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  36.05 
 
 		 185 aa  111  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  38.73 
 
 		 171 aa  111  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  49.58 
 
 		 190 aa  110  9e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  41.86 
 
 		 175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.57 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.33 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0187  shikimate kinase  46.2 
 
 		 162 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.521508  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  38.67 
 
 		 181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  45.93 
 
 		 162 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  39.43 
 
 		 181 aa  107  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  33.33 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.73 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  39.88 
 
 		 178 aa  105  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  37.14 
 
 		 187 aa  104  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  34.88 
 
 		 185 aa  104  7e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.14 
 
 		 187 aa  104  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  34.68 
 
 		 185 aa  104  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  36.78 
 
 		 172 aa  104  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  35.75 
 
 		 277 aa  102  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  42.58 
 
 		 202 aa  101  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.85 
 
 		 195 aa  100  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  42.58 
 
 		 180 aa  100  9e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.53 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  33.72 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  40.8 
 
 		 180 aa  99.8  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  39.2 
 
 		 191 aa  99.8  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  38.1 
 
 		 168 aa  99  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  35.63 
 
 		 174 aa  98.6  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  40.83 
 
 		 189 aa  98.6  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  36.36 
 
 		 165 aa  99  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  36.36 
 
 		 165 aa  99  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.72 
 
 		 168 aa  99  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  35.59 
 
 		 184 aa  99  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  43.56 
 
 		 551 aa  99  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  99  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  36.31 
 
 		 186 aa  98.2  6e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  40.32 
 
 		 201 aa  98.2  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  39.43 
 
 		 179 aa  98.2  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  36.31 
 
 		 174 aa  97.8  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.57 
 
 		 170 aa  97.4  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.93 
 
 		 165 aa  97.4  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  40.88 
 
 		 170 aa  97.1  1e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  40.66 
 
 		 198 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  34.66 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  36.31 
 
 		 186 aa  97.4  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  36.13 
 
 		 170 aa  97.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  41.71 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  39.44 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  33.89 
 
 		 176 aa  97.4  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  38.33 
 
 		 208 aa  97.4  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  36.42 
 
 		 186 aa  96.7  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  43.8 
 
 		 192 aa  96.3  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  35.33 
 
 		 165 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  38.51 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  35.06 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  34.68 
 
 		 165 aa  96.7  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.16 
 
 		 190 aa  96.3  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.99 
 
 		 169 aa  96.7  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.93 
 
 		 165 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 		 462 aa  96.7  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  41.71 
 
 		 172 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  39.43 
 
 		 174 aa  95.9  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.14 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  39.43 
 
 		 174 aa  95.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.84 
 
 		 539 aa  95.1  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  39.43 
 
 		 174 aa  95.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  38.29 
 
 		 169 aa  95.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  32.97 
 
 		 176 aa  95.1  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35.15 
 
 		 165 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  32.95 
 
 		 170 aa  95.1  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  39.88 
 
 		 176 aa  95.1  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  31.61 
 
 		 170 aa  94.7  7e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  39.78 
 
 		 206 aa  94.7  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>