More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4020 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  100 
 
 		 181 aa  366  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.36 
 
 		 171 aa  127  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.97 
 
 		 166 aa  124  8.000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  43.14 
 
 		 183 aa  120  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  39.75 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  42.48 
 
 		 183 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  39.52 
 
 		 192 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 171 aa  117  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  37.2 
 
 		 170 aa  117  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  36.53 
 
 		 169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  39.73 
 
 		 186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  43.33 
 
 		 183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  36.59 
 
 		 170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  40 
 
 		 184 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  41.33 
 
 		 184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  40.72 
 
 		 172 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.73 
 
 		 186 aa  114  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  43.05 
 
 		 172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.62 
 
 		 169 aa  114  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  43.05 
 
 		 172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  40.52 
 
 		 183 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44.37 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.52 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  41.14 
 
 		 184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  40.12 
 
 		 173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  41.06 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  40.94 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  41.06 
 
 		 209 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  40 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.17 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  41.36 
 
 		 219 aa  112  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.69 
 
 		 177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  44.37 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  36.02 
 
 		 172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  41.72 
 
 		 172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  38.85 
 
 		 190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  35.56 
 
 		 199 aa  111  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.79 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  39.51 
 
 		 225 aa  111  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.04 
 
 		 170 aa  111  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 225 aa  111  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 225 aa  111  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.19 
 
 		 181 aa  111  7.000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.08 
 
 		 229 aa  110  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  39.88 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.4 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  41.1 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  38.89 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  35.62 
 
 		 173 aa  108  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.86 
 
 		 195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  43.06 
 
 		 163 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 171 aa  108  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  108  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  108  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  37.04 
 
 		 174 aa  108  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  39.43 
 
 		 192 aa  107  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34.94 
 
 		 168 aa  108  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  41.26 
 
 		 169 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  37.84 
 
 		 172 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 175 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 175 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  36.62 
 
 		 181 aa  106  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  37.27 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.57 
 
 		 184 aa  107  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.27 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  36.75 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.42 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  37.58 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  39.86 
 
 		 169 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>