More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1731 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  100 
 
 		 180 aa  368  1e-101  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  54.22 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  50.3 
 
 		 219 aa  173  9e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  44.03 
 
 		 171 aa  137  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  45.7 
 
 		 182 aa  127  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  43.31 
 
 		 169 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  44.37 
 
 		 174 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  43.71 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  35 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  43.37 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  38.32 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  42.95 
 
 		 168 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.38 
 
 		 171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  40 
 
 		 180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  45.83 
 
 		 182 aa  115  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  38.41 
 
 		 170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.04 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  41.01 
 
 		 192 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  42.25 
 
 		 277 aa  112  4.0000000000000004e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  37.5 
 
 		 166 aa  111  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  44.3 
 
 		 183 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  35.62 
 
 		 172 aa  110  8.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  40.49 
 
 		 181 aa  110  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  39.62 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  42.42 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  40.4 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  41.88 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  37.5 
 
 		 193 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  37.5 
 
 		 181 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  39.39 
 
 		 195 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  35.56 
 
 		 206 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  40.49 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  40.49 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  41.04 
 
 		 224 aa  106  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  40 
 
 		 178 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.96 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  36.81 
 
 		 196 aa  105  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  41.72 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  41.89 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  37.65 
 
 		 208 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  39.46 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  32.73 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  36.81 
 
 		 200 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  41.4 
 
 		 163 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  39.26 
 
 		 172 aa  104  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  39.31 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  41.1 
 
 		 172 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  36.69 
 
 		 216 aa  104  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  40 
 
 		 197 aa  104  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  35.09 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  40.76 
 
 		 163 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  34.36 
 
 		 177 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 454 aa  103  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  36.67 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.74 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  38.61 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  40 
 
 		 185 aa  103  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  43.21 
 
 		 214 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  37.57 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  35.58 
 
 		 205 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.37 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.58 
 
 		 181 aa  103  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  37.89 
 
 		 175 aa  102  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 458 aa  102  3e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  39.6 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  39.6 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  39.6 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  39.6 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.58 
 
 		 170 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  35.58 
 
 		 204 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  39.6 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  39.6 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  40.88 
 
 		 615 aa  102  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  40.27 
 
 		 183 aa  101  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.4 
 
 		 174 aa  102  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.19 
 
 		 593 aa  101  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  39.6 
 
 		 209 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.29 
 
 		 183 aa  101  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  38.93 
 
 		 199 aa  101  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  37.28 
 
 		 176 aa  100  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  38.99 
 
 		 192 aa  100  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.27 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35 
 
 		 165 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  33.75 
 
 		 165 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35 
 
 		 165 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  39.6 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  40 
 
 		 178 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  41.72 
 
 		 206 aa  99.8  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  40 
 
 		 178 aa  99.8  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  36.65 
 
 		 195 aa  99.4  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  36.69 
 
 		 203 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  38.61 
 
 		 175 aa  99.8  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  36.63 
 
 		 196 aa  99.4  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  37.43 
 
 		 189 aa  100  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  35.33 
 
 		 178 aa  99  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35 
 
 		 165 aa  99  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35 
 
 		 165 aa  99  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  35.33 
 
 		 191 aa  98.6  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  33.33 
 
 		 179 aa  99  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>