More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0781 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  100 
 
 		 170 aa  348  2e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  47.13 
 
 		 207 aa  148  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.11 
 
 		 190 aa  128  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  40 
 
 		 168 aa  122  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  40 
 
 		 178 aa  121  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  39.02 
 
 		 168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  42.68 
 
 		 173 aa  118  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  37.13 
 
 		 175 aa  117  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.52 
 
 		 179 aa  115  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.02 
 
 		 171 aa  111  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  37.35 
 
 		 170 aa  111  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  37.35 
 
 		 170 aa  110  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  39.02 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.36 
 
 		 179 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  40.12 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  38.65 
 
 		 189 aa  108  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  39.41 
 
 		 172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  39.74 
 
 		 184 aa  107  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  39.74 
 
 		 199 aa  107  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  39.74 
 
 		 177 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  39.74 
 
 		 209 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.81 
 
 		 173 aa  107  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.42 
 
 		 166 aa  107  9.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  36.97 
 
 		 177 aa  106  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  39.16 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  39.39 
 
 		 169 aa  105  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  38.24 
 
 		 171 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.24 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 173 aa  105  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  38.46 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  35.54 
 
 		 180 aa  105  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  36.59 
 
 		 169 aa  105  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  38.69 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.29 
 
 		 172 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.69 
 
 		 172 aa  104  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.26 
 
 		 173 aa  103  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  39.39 
 
 		 167 aa  103  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.72 
 
 		 191 aa  102  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.15 
 
 		 190 aa  102  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.89 
 
 		 170 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  39.52 
 
 		 171 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  36.69 
 
 		 196 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  39.52 
 
 		 171 aa  101  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.35 
 
 		 219 aa  101  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  101  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  44.72 
 
 		 277 aa  101  5e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 172 aa  101  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 171 aa  101  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  36.84 
 
 		 183 aa  101  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.5 
 
 		 177 aa  100  7e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 173 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 173 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 171 aa  100  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 173 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 173 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 173 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0280  Shikimate kinase  35.5 
 
 		 180 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.129636  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  36.9 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.89 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  34.52 
 
 		 197 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  35.29 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.6 
 
 		 594 aa  99.4  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  35.19 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  35.29 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 171 aa  99.4  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  37.72 
 
 		 171 aa  99.4  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  35.53 
 
 		 190 aa  99  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  31.9 
 
 		 192 aa  98.6  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  36.9 
 
 		 180 aa  98.6  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  35.19 
 
 		 184 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.67 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  35.09 
 
 		 173 aa  98.2  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.35 
 
 		 187 aa  98.2  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.7 
 
 		 172 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  35.53 
 
 		 183 aa  98.2  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  35.09 
 
 		 173 aa  98.2  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  35.09 
 
 		 173 aa  98.2  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  35.09 
 
 		 173 aa  98.2  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  31.25 
 
 		 181 aa  98.2  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  35.09 
 
 		 173 aa  98.2  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  35.09 
 
 		 173 aa  98.2  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  38.32 
 
 		 171 aa  98.6  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.98 
 
 		 174 aa  98.2  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  33.7 
 
 		 190 aa  98.2  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>