More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_1330 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  100 
 
 
219 aa  442  1e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  73.6 
 
 
181 aa  278  5e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  50.3 
 
 
180 aa  159  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  43.12 
 
 
169 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  40 
 
 
170 aa  124  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  41.38 
 
 
177 aa  123  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  44.85 
 
 
175 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  44.85 
 
 
175 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.7 
 
 
190 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  43.4 
 
 
168 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  43.29 
 
 
182 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  40.49 
 
 
200 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  39.76 
 
 
191 aa  119  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.51 
 
 
170 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  41.57 
 
 
179 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  43.48 
 
 
171 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  42.2 
 
 
173 aa  117  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  38.73 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.02 
 
 
171 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  39.88 
 
 
168 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  40.24 
 
 
174 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  36.99 
 
 
179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  39.88 
 
 
184 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  40.85 
 
 
179 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  40.72 
 
 
174 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  37.79 
 
 
207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.92 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  39.63 
 
 
183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  39.88 
 
 
184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  37.3 
 
 
200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  39.29 
 
 
198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.36 
 
 
174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  39.63 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  40.23 
 
 
179 aa  112  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  45.12 
 
 
169 aa  112  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  39.77 
 
 
192 aa  112  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.41 
 
 
172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  41.04 
 
 
196 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  40 
 
 
187 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  38.69 
 
 
199 aa  112  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  38.69 
 
 
209 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  41.36 
 
 
181 aa  112  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.6 
 
 
195 aa  111  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.63 
 
 
170 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  38.46 
 
 
176 aa  111  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.12 
 
 
183 aa  111  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.2 
 
 
166 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  39.88 
 
 
186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  38.69 
 
 
184 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  34.93 
 
 
237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.88 
 
 
186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  38.12 
 
 
172 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  39.02 
 
 
177 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  39.02 
 
 
177 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  39.02 
 
 
177 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  39.02 
 
 
177 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  39.63 
 
 
183 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  42.36 
 
 
169 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  39.02 
 
 
177 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.51 
 
 
173 aa  109  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  38.55 
 
 
175 aa  108  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  36.05 
 
 
175 aa  108  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  38.46 
 
 
192 aa  108  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  40.94 
 
 
183 aa  108  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  40.76 
 
 
182 aa  108  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  35.2 
 
 
205 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.42 
 
 
181 aa  108  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  41.67 
 
 
169 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  36.47 
 
 
208 aa  108  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  37.42 
 
 
200 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  37.42 
 
 
217 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  34.34 
 
 
206 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  39.02 
 
 
182 aa  107  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  38.69 
 
 
540 aa  107  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  36.14 
 
 
204 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  39.55 
 
 
188 aa  107  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  39.63 
 
 
172 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.41 
 
 
190 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  38.82 
 
 
177 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  39.26 
 
 
579 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  106  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  37.95 
 
 
197 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  42.46 
 
 
172 aa  106  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  37.16 
 
 
264 aa  105  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  37.64 
 
 
190 aa  105  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  38.55 
 
 
192 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.76 
 
 
165 aa  105  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.76 
 
 
165 aa  105  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  38.42 
 
 
216 aa  105  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  33.17 
 
 
229 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  36.59 
 
 
178 aa  105  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  105  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.24 
 
 
167 aa  105  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  104  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.97 
 
 
165 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36 
 
 
192 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  38.65 
 
 
173 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>