More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0946 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  100 
 
 
199 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  71.98 
 
 
264 aa  266  2e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  66.33 
 
 
199 aa  259  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  69.78 
 
 
190 aa  259  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  62.44 
 
 
197 aa  251  5.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  68.48 
 
 
202 aa  249  1e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  66.11 
 
 
190 aa  235  4e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  43.41 
 
 
192 aa  137  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  40.34 
 
 
169 aa  126  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  42.69 
 
 
175 aa  122  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  37.85 
 
 
170 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  36.11 
 
 
170 aa  115  6e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  37.65 
 
 
165 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  38.1 
 
 
181 aa  114  7.999999999999999e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  40.24 
 
 
168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  39.53 
 
 
166 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  38.92 
 
 
168 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.75 
 
 
173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  40.91 
 
 
175 aa  112  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  36.7 
 
 
181 aa  111  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  38.24 
 
 
165 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.18 
 
 
174 aa  111  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  39.74 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  37.65 
 
 
170 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  37.06 
 
 
165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.43 
 
 
184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  39.43 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  37.06 
 
 
165 aa  109  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  37.42 
 
 
177 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.46 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  37.06 
 
 
165 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  36.47 
 
 
165 aa  108  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  37.06 
 
 
165 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  40.12 
 
 
188 aa  108  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  41.24 
 
 
172 aa  107  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.88 
 
 
165 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  35.88 
 
 
165 aa  106  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  38.16 
 
 
190 aa  106  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.72 
 
 
171 aa  105  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  37.08 
 
 
181 aa  106  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  36.52 
 
 
198 aa  105  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36 
 
 
593 aa  105  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  34.13 
 
 
189 aa  105  6e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  37.21 
 
 
185 aa  103  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  38.06 
 
 
178 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  45.38 
 
 
169 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.07 
 
 
187 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.91 
 
 
199 aa  102  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  33.89 
 
 
176 aa  102  5e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.08 
 
 
219 aa  102  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.52 
 
 
187 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  37.66 
 
 
180 aa  101  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  38.31 
 
 
181 aa  101  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  38.31 
 
 
193 aa  101  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  35.5 
 
 
190 aa  101  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  35.48 
 
 
192 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  36.81 
 
 
156 aa  100  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  35.11 
 
 
189 aa  100  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.95 
 
 
539 aa  99.8  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  37.99 
 
 
172 aa  99.8  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  35.56 
 
 
190 aa  99  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  34.84 
 
 
229 aa  99  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  37.2 
 
 
169 aa  98.6  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  33.53 
 
 
176 aa  98.6  6e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  38.41 
 
 
177 aa  98.6  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  34.78 
 
 
184 aa  98.6  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.77 
 
 
192 aa  98.6  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  36.72 
 
 
185 aa  98.2  7e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  36.42 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.91 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  38.16 
 
 
200 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  33.15 
 
 
170 aa  97.1  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  37.34 
 
 
165 aa  97.8  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  37.14 
 
 
175 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  37.14 
 
 
175 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  34.71 
 
 
207 aa  96.3  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  36.21 
 
 
173 aa  97.1  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  35.22 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  33.54 
 
 
183 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  37.11 
 
 
182 aa  96.7  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  36.16 
 
 
185 aa  95.9  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  37.5 
 
 
201 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  38.55 
 
 
176 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  32.47 
 
 
179 aa  96.3  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  31.52 
 
 
198 aa  95.5  5e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  33.33 
 
 
198 aa  95.5  5e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  34.43 
 
 
197 aa  95.1  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  36.63 
 
 
185 aa  95.1  6e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 
594 aa  95.1  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  36.99 
 
 
192 aa  95.1  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  31.18 
 
 
181 aa  95.1  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  39.01 
 
 
186 aa  95.1  7e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.7 
 
 
190 aa  94.7  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  40.48 
 
 
172 aa  94.7  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  38.85 
 
 
170 aa  94  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.42 
 
 
167 aa  94  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  33.73 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  34.5 
 
 
196 aa  94  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  34.5 
 
 
196 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  34.57 
 
 
184 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>