More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1534 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  100 
 
 		 170 aa  343  7e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  44.97 
 
 		 172 aa  162  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00900  hypothetical protein  48.12 
 
 		 165 aa  153  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  43.9 
 
 		 170 aa  140  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  41.06 
 
 		 167 aa  112  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  38.12 
 
 		 169 aa  110  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  36.97 
 
 		 186 aa  106  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  40.12 
 
 		 495 aa  100  8e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  35.71 
 
 		 168 aa  99.4  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  35.22 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  35.22 
 
 		 193 aa  95.9  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  35.22 
 
 		 181 aa  95.9  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  31.61 
 
 		 192 aa  94.7  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  36.08 
 
 		 172 aa  94.4  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.94 
 
 		 171 aa  93.2  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.74 
 
 		 206 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  33.93 
 
 		 168 aa  92  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  37.43 
 
 		 190 aa  91.3  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  33.73 
 
 		 189 aa  90.9  8e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  34.44 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  32.74 
 
 		 168 aa  89.4  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.75 
 
 		 166 aa  89  3e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.74 
 
 		 593 aa  88.6  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  31.55 
 
 		 205 aa  88.2  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  31.58 
 
 		 216 aa  87.8  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  36.53 
 
 		 172 aa  87.4  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  36.69 
 
 		 172 aa  87.4  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  34.91 
 
 		 181 aa  87  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  35.58 
 
 		 196 aa  86.7  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0153  shikimate kinase  36.62 
 
 		 166 aa  86.7  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  33.33 
 
 		 202 aa  86.7  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  34.12 
 
 		 219 aa  85.9  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  35.33 
 
 		 190 aa  85.5  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  32.74 
 
 		 191 aa  85.5  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  30.36 
 
 		 200 aa  84.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  37.13 
 
 		 175 aa  84.7  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  37.34 
 
 		 199 aa  84.7  6e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.93 
 
 		 177 aa  84.7  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  29.76 
 
 		 201 aa  84.3  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.47 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 539 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  32.14 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  35.22 
 
 		 185 aa  82.8  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  35.26 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  35.26 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  36.25 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  35.26 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.44 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  35.26 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  29.71 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  34.34 
 
 		 615 aa  82.4  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  35.26 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  34.55 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  31.1 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  34.13 
 
 		 173 aa  82  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  30.72 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  34.76 
 
 		 591 aa  81.6  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  32.12 
 
 		 165 aa  81.3  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  29.17 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  32.14 
 
 		 179 aa  81.3  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  34.67 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2488  shikimate kinase  32.52 
 
 		 168 aa  80.9  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  34.68 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  38.98 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  34.68 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  31.55 
 
 		 178 aa  80.1  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  34.01 
 
 		 178 aa  80.1  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  38.98 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  34.38 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  32.73 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.99 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  34.68 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  32.94 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 462 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  31.55 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  31.43 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  32.93 
 
 		 190 aa  79  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  31.82 
 
 		 551 aa  79  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  32.93 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  33.1 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  29.76 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.01 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  34.44 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  38.33 
 
 		 165 aa  78.6  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  33.92 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  31.52 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  29.76 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  29.76 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  35.54 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  30.36 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  32.73 
 
 		 165 aa  77.8  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  32.12 
 
 		 165 aa  77.4  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  32.54 
 
 		 178 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  30.29 
 
 		 579 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  32.54 
 
 		 178 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  30.29 
 
 		 604 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  33.54 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>