More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3226 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  100 
 
 		 172 aa  353  5e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  42.07 
 
 		 167 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  42.24 
 
 		 169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  37.95 
 
 		 170 aa  125  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  39.63 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  38.04 
 
 		 186 aa  115  3.9999999999999997e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  41.18 
 
 		 180 aa  114  7.999999999999999e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.69 
 
 		 166 aa  107  8.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  37.33 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.1 
 
 		 184 aa  103  9e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  37.67 
 
 		 551 aa  103  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  37.71 
 
 		 202 aa  102  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  37.41 
 
 		 190 aa  100  7e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  38.36 
 
 		 185 aa  100  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.34 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  37.01 
 
 		 170 aa  99.8  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  37.74 
 
 		 185 aa  99.8  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  36.53 
 
 		 179 aa  98.6  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  35.5 
 
 		 170 aa  98.2  5e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  37.74 
 
 		 185 aa  97.8  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  33.53 
 
 		 169 aa  97.4  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  37.42 
 
 		 185 aa  97.1  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.25 
 
 		 187 aa  97.1  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  42.5 
 
 		 187 aa  97.1  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  95.9  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  95.5  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  33.94 
 
 		 174 aa  95.1  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  94  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  30.95 
 
 		 170 aa  93.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  38.57 
 
 		 169 aa  93.6  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  32.73 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  36.71 
 
 		 264 aa  94  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  35.14 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  36.71 
 
 		 199 aa  92.8  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  37.34 
 
 		 190 aa  92.8  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  36.14 
 
 		 165 aa  92  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  29.76 
 
 		 170 aa  92.4  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  34.01 
 
 		 175 aa  92.4  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 165 aa  91.7  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  34.57 
 
 		 199 aa  91.7  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.13 
 
 		 183 aa  91.7  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  91.3  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  91.3  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  34.36 
 
 		 220 aa  91.3  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  32.73 
 
 		 170 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.52 
 
 		 176 aa  90.1  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 172 aa  90.1  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.25 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  35.85 
 
 		 175 aa  90.1  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00900  hypothetical protein  33.74 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  32.73 
 
 		 165 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  34.01 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  32.73 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  31.55 
 
 		 206 aa  89  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  33.74 
 
 		 220 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  33.56 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  33.97 
 
 		 180 aa  88.6  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  33.53 
 
 		 176 aa  88.6  4e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  32.94 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  36.65 
 
 		 190 aa  87.8  6e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  32.92 
 
 		 184 aa  88.2  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  33.74 
 
 		 192 aa  87.8  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  33.53 
 
 		 196 aa  87.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  34.94 
 
 		 165 aa  87.4  9e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  34.94 
 
 		 165 aa  86.7  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  32.91 
 
 		 156 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  30.49 
 
 		 196 aa  87  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  32.93 
 
 		 235 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  32.93 
 
 		 235 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  32.93 
 
 		 235 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  31.68 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  30.63 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  32.72 
 
 		 177 aa  86.3  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  30.91 
 
 		 176 aa  85.5  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  31.84 
 
 		 200 aa  85.5  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  31.87 
 
 		 166 aa  85.5  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  35.37 
 
 		 191 aa  85.5  3e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  28.48 
 
 		 173 aa  85.5  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  32.93 
 
 		 176 aa  85.5  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  31.84 
 
 		 217 aa  85.1  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  31.58 
 
 		 195 aa  85.1  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  35.54 
 
 		 167 aa  85.1  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  31.9 
 
 		 184 aa  85.1  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  31.1 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  27.88 
 
 		 193 aa  84.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  27.88 
 
 		 181 aa  85.1  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  27.88 
 
 		 181 aa  84.7  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  33.33 
 
 		 180 aa  85.1  5e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  32.52 
 
 		 175 aa  84.7  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  35.17 
 
 		 172 aa  84.7  6e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  30.49 
 
 		 539 aa  84.3  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  36.3 
 
 		 170 aa  84.3  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  35.37 
 
 		 167 aa  84.3  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  35.53 
 
 		 172 aa  84.3  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.34 
 
 		 172 aa  84.3  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  29.45 
 
 		 168 aa  84.3  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  34.9 
 
 		 202 aa  84.3  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  27.27 
 
 		 180 aa  84.3  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>