More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1591 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  100 
 
 		 175 aa  342  1e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  54.12 
 
 		 169 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  56.55 
 
 		 168 aa  169  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  56.25 
 
 		 175 aa  164  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  50.61 
 
 		 170 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  50.61 
 
 		 170 aa  164  6.9999999999999995e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  45.09 
 
 		 190 aa  133  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  47.62 
 
 		 184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  43.83 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  47.59 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  42.07 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  46.15 
 
 		 179 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  45.12 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.24 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  41.76 
 
 		 202 aa  121  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  45.24 
 
 		 176 aa  121  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  42.69 
 
 		 199 aa  122  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  43.03 
 
 		 190 aa  121  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  44.05 
 
 		 172 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  44.79 
 
 		 173 aa  121  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  41.98 
 
 		 172 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  40.46 
 
 		 199 aa  120  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  41.98 
 
 		 172 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  42.26 
 
 		 539 aa  119  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  41.18 
 
 		 264 aa  119  3e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.02 
 
 		 172 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  41.28 
 
 		 190 aa  118  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 172 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  39.88 
 
 		 197 aa  117  7e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40 
 
 		 174 aa  117  7.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  43.23 
 
 		 169 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  40.12 
 
 		 172 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  41.36 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  44.44 
 
 		 177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  40.74 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  41.52 
 
 		 171 aa  115  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  41.83 
 
 		 167 aa  114  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  43.21 
 
 		 229 aa  114  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  44.1 
 
 		 172 aa  114  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  39.26 
 
 		 166 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  41.1 
 
 		 165 aa  114  7.999999999999999e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  41.07 
 
 		 175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  41.07 
 
 		 175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  41.21 
 
 		 182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  39.52 
 
 		 174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  39.13 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  42.59 
 
 		 199 aa  112  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  39.13 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  42.76 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  112  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.27 
 
 		 180 aa  112  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 207 aa  112  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  43.35 
 
 		 552 aa  111  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  37.89 
 
 		 165 aa  111  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  41.86 
 
 		 192 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.74 
 
 		 172 aa  110  9e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  41.29 
 
 		 163 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  38.95 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  33.92 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  37.27 
 
 		 165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  42.11 
 
 		 186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  38.69 
 
 		 185 aa  109  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  42.76 
 
 		 190 aa  109  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  39.63 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  40 
 
 		 179 aa  108  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  43.95 
 
 		 163 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  40.65 
 
 		 163 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  42.28 
 
 		 180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  45.62 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  37.27 
 
 		 170 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  38.12 
 
 		 165 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 		 454 aa  107  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  41.36 
 
 		 180 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  39.51 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  38.69 
 
 		 185 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  38.89 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  43.24 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 187 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  39.52 
 
 		 172 aa  105  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  41.57 
 
 		 191 aa  105  3e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  40.96 
 
 		 165 aa  105  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  41.76 
 
 		 208 aa  105  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  37.22 
 
 		 190 aa  105  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  38.41 
 
 		 171 aa  105  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  104  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  40.4 
 
 		 184 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  104  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  104  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  104  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40.4 
 
 		 177 aa  104  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  40.4 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  39.51 
 
 		 192 aa  104  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  39.74 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  38.89 
 
 		 185 aa  104  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 173 aa  103  9e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  38.86 
 
 		 179 aa  103  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>