More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1840 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  100 
 
 		 188 aa  383  1e-105  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  41.71 
 
 		 169 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  40.22 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.45 
 
 		 172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  37.08 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.46 
 
 		 174 aa  112  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  37.1 
 
 		 183 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  37.64 
 
 		 183 aa  111  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  40.45 
 
 		 172 aa  110  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  41.46 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.16 
 
 		 166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.11 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  36.52 
 
 		 170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  37.08 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.89 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  38.76 
 
 		 182 aa  108  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  38.2 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.83 
 
 		 170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  40.12 
 
 		 199 aa  108  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  39.33 
 
 		 175 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  39.33 
 
 		 175 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  39.55 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  38.46 
 
 		 172 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  37.64 
 
 		 184 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  40.46 
 
 		 163 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  37.91 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  37.29 
 
 		 168 aa  107  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  39.66 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  39.23 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  37.43 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  39.23 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3110  shikimate kinase  37.99 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  35.52 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  37.43 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  39.11 
 
 		 179 aa  106  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  40.24 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  36.57 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  37.43 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  37.43 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  37.43 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.52 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  39.89 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  39.29 
 
 		 199 aa  105  4e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  31.84 
 
 		 172 aa  105  5e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  36.52 
 
 		 184 aa  104  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  36.87 
 
 		 209 aa  104  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  33.73 
 
 		 188 aa  104  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  36.87 
 
 		 184 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  36.87 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  36.52 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  38.82 
 
 		 169 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.03 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  36.72 
 
 		 202 aa  103  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  40.12 
 
 		 191 aa  103  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  41.03 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.03 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.08 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  35.59 
 
 		 170 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  35.59 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  38.64 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  36.31 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  38.24 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.75 
 
 		 181 aa  102  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  35.59 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  39.88 
 
 		 163 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  37.36 
 
 		 168 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  36.78 
 
 		 172 aa  102  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  39.66 
 
 		 187 aa  102  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.08 
 
 		 167 aa  101  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  33.9 
 
 		 165 aa  101  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.02 
 
 		 170 aa  101  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  35.96 
 
 		 171 aa  100  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  36.52 
 
 		 176 aa  100  9e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  36.57 
 
 		 171 aa  100  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  38.24 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  35.03 
 
 		 189 aa  99.8  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.03 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  42.52 
 
 		 190 aa  100  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  37.06 
 
 		 161 aa  99.8  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.47 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  36.72 
 
 		 190 aa  99  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  34.83 
 
 		 184 aa  99.4  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  34.27 
 
 		 172 aa  99  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.03 
 
 		 165 aa  99  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  36.31 
 
 		 184 aa  99  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.39 
 
 		 174 aa  99  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  38.15 
 
 		 163 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  35.2 
 
 		 175 aa  98.6  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  33.9 
 
 		 173 aa  98.6  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  34.83 
 
 		 173 aa  98.6  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  35.03 
 
 		 173 aa  98.2  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  36.57 
 
 		 163 aa  98.2  6e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  36.87 
 
 		 462 aa  98.2  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  33.9 
 
 		 165 aa  97.8  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  35.39 
 
 		 171 aa  98.2  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  37.06 
 
 		 179 aa  97.4  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  34.97 
 
 		 495 aa  97.8  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  33.9 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  38.55 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  37.5 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>