More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0989 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  100 
 
 		 189 aa  371  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  61.05 
 
 		 178 aa  204  8e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  55.36 
 
 		 173 aa  188  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  48.84 
 
 		 177 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  50 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  51.33 
 
 		 168 aa  148  6e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  44.59 
 
 		 171 aa  127  8.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  44.64 
 
 		 190 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  42.86 
 
 		 183 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  41.92 
 
 		 180 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  42.7 
 
 		 179 aa  118  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  42.7 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.82 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  41.67 
 
 		 183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  41.67 
 
 		 183 aa  114  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  47.62 
 
 		 178 aa  114  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  40.72 
 
 		 181 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  40.72 
 
 		 193 aa  114  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  39.88 
 
 		 184 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  39.88 
 
 		 177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  39.88 
 
 		 177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  42.51 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  39.88 
 
 		 177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  39.88 
 
 		 199 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  39.88 
 
 		 177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  39.88 
 
 		 177 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  39.88 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  38.82 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  39.74 
 
 		 172 aa  111  7.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  39.41 
 
 		 184 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.11 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  42.17 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  38.24 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  35.29 
 
 		 229 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  39.76 
 
 		 208 aa  109  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  42.51 
 
 		 175 aa  109  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  41.83 
 
 		 183 aa  109  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  42.95 
 
 		 198 aa  108  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  38.65 
 
 		 170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.69 
 
 		 192 aa  108  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  40.48 
 
 		 168 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  41.18 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  35.58 
 
 		 197 aa  105  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.52 
 
 		 165 aa  105  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.92 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  104  6e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  40.27 
 
 		 170 aa  104  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.42 
 
 		 179 aa  104  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  38.65 
 
 		 169 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.52 
 
 		 170 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  45.33 
 
 		 552 aa  103  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  34.52 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  38.65 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  34.73 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  39.04 
 
 		 197 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  34.73 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  40.67 
 
 		 462 aa  103  2e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  34.52 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  37.58 
 
 		 171 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  39.26 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  40.68 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.13 
 
 		 165 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  36.63 
 
 		 174 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.35 
 
 		 190 aa  101  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  35.58 
 
 		 199 aa  101  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  39.38 
 
 		 179 aa  101  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  38.82 
 
 		 184 aa  100  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  37.35 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  42.86 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  39.04 
 
 		 200 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  35.6 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  39.04 
 
 		 217 aa  100  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.51 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.86 
 
 		 594 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.33 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  35.11 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38.82 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.26 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  36.9 
 
 		 196 aa  99.8  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  39.29 
 
 		 179 aa  99.8  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  43.98 
 
 		 172 aa  99.4  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.84 
 
 		 593 aa  99.4  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.35 
 
 		 167 aa  98.6  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  40.41 
 
 		 454 aa  98.6  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  42.22 
 
 		 180 aa  98.6  5e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.62 
 
 		 187 aa  98.6  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  38.36 
 
 		 196 aa  98.2  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  39.31 
 
 		 170 aa  98.2  7e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.33 
 
 		 172 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  37.2 
 
 		 591 aa  98.2  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  36.31 
 
 		 181 aa  97.8  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 166 aa  97.8  8e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.69 
 
 		 172 aa  97.8  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  35.93 
 
 		 175 aa  97.8  9e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  36.99 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  37.36 
 
 		 206 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  42.47 
 
 		 204 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.31 
 
 		 174 aa  97.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.32 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>