More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_12559 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  100 
 
 		 176 aa  343  7e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  83.62 
 
 		 235 aa  293  8e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  83.62 
 
 		 235 aa  293  8e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  83.62 
 
 		 235 aa  293  8e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  82.25 
 
 		 220 aa  280  8.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  81.07 
 
 		 220 aa  278  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  57.31 
 
 		 206 aa  174  5e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  55.56 
 
 		 180 aa  167  8e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  51.83 
 
 		 171 aa  158  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  52.29 
 
 		 172 aa  157  7e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  52.98 
 
 		 172 aa  154  7e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  47.93 
 
 		 171 aa  152  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  48.8 
 
 		 167 aa  148  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  55.7 
 
 		 185 aa  147  6e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  48.21 
 
 		 183 aa  144  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  51.83 
 
 		 173 aa  142  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  47.37 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  47.43 
 
 		 187 aa  141  5e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  51.12 
 
 		 188 aa  140  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  46.3 
 
 		 176 aa  137  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  46.39 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  48.19 
 
 		 166 aa  135  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  48.8 
 
 		 179 aa  134  7.000000000000001e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  47.27 
 
 		 577 aa  134  8e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  48.17 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  46.3 
 
 		 519 aa  127  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  50.32 
 
 		 167 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  50 
 
 		 163 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  50.64 
 
 		 225 aa  124  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  41.57 
 
 		 204 aa  123  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  47.8 
 
 		 192 aa  122  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  45.14 
 
 		 182 aa  121  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  44.91 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  50.32 
 
 		 167 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  44.97 
 
 		 172 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  44.31 
 
 		 172 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  42.2 
 
 		 174 aa  114  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  41.28 
 
 		 179 aa  114  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  38.85 
 
 		 180 aa  114  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  39.1 
 
 		 180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  40.49 
 
 		 179 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  40.12 
 
 		 175 aa  110  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  40.12 
 
 		 175 aa  110  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  47.24 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  43.56 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.55 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  41.32 
 
 		 170 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  42.94 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  42.29 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  46.71 
 
 		 172 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  46.67 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  41.88 
 
 		 182 aa  109  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  42.41 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  46.63 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  48.53 
 
 		 188 aa  106  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  43.98 
 
 		 177 aa  107  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  44.64 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  37.04 
 
 		 166 aa  106  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  42.33 
 
 		 182 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  44.64 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  40.83 
 
 		 203 aa  106  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.51 
 
 		 167 aa  106  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  34.73 
 
 		 540 aa  105  2e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  105  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  105  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  35.15 
 
 		 174 aa  104  7e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  41.76 
 
 		 171 aa  103  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  39.41 
 
 		 172 aa  103  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  41.76 
 
 		 171 aa  103  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.24 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  41.76 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.72 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  39.38 
 
 		 161 aa  103  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  42.26 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  42.68 
 
 		 183 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  38.01 
 
 		 202 aa  103  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  41.76 
 
 		 171 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  41.76 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  39.41 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  37.87 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  41.92 
 
 		 591 aa  102  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 174 aa  101  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  44.44 
 
 		 163 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  38.71 
 
 		 163 aa  101  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  41.72 
 
 		 180 aa  101  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 171 aa  101  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  37.87 
 
 		 189 aa  101  7e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  43.83 
 
 		 163 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 171 aa  101  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  39.41 
 
 		 172 aa  100  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  36.52 
 
 		 188 aa  100  8e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  45.7 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>