More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2697 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 374 aa  762    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  94.19 
 
 		 327 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  90.09 
 
 		 315 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  86.29 
 
 		 317 aa  554  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.13 
 
 		 316 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.06 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.68 
 
 		 304 aa  351  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.18 
 
 		 318 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.43 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.41 
 
 		 315 aa  339  5.9999999999999996e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.29 
 
 		 332 aa  332  9e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.16 
 
 		 309 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56 
 
 		 316 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  49.45 
 
 		 310 aa  232  8.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.52 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.46 
 
 		 306 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.74 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.64 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.65 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.25 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.6 
 
 		 305 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.39 
 
 		 270 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.94 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.11 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 338 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 328 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.1 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.91 
 
 		 199 aa  93.6  5e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 591 aa  85.1  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  31.25 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  35.58 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  32.05 
 
 		 172 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  34.76 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  32.54 
 
 		 188 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  30.46 
 
 		 168 aa  79  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  34.72 
 
 		 192 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  27.63 
 
 		 166 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.33 
 
 		 173 aa  77.4  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.36 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  29.01 
 
 		 196 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.33 
 
 		 593 aa  74.3  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  32.67 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  30.99 
 
 		 170 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  33.56 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  29.17 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  28.4 
 
 		 196 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  34.81 
 
 		 177 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  31.84 
 
 		 182 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.37 
 
 		 184 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.76 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  34.27 
 
 		 171 aa  71.6  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.1 
 
 		 206 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  28 
 
 		 174 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  28 
 
 		 174 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0938  shikimate kinase  32.28 
 
 		 172 aa  71.6  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.108411  normal  0.830566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.67 
 
 		 594 aa  70.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  27.78 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  30.23 
 
 		 169 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  31.94 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  30.54 
 
 		 170 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  33.75 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  31.17 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  31.17 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.67 
 
 		 579 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.67 
 
 		 604 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  30.59 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  31.9 
 
 		 457 aa  70.1  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.57 
 
 		 174 aa  69.7  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  34.67 
 
 		 552 aa  69.7  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  28.28 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  31.72 
 
 		 201 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  31.72 
 
 		 181 aa  68.9  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  28.66 
 
 		 181 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  30.22 
 
 		 179 aa  69.3  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  31.41 
 
 		 207 aa  69.3  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  32.9 
 
 		 179 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  28.57 
 
 		 176 aa  68.6  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  32 
 
 		 203 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  30.29 
 
 		 176 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  29.34 
 
 		 168 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  31.03 
 
 		 190 aa  68.6  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  32 
 
 		 579 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  30.87 
 
 		 177 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  35.58 
 
 		 235 aa  68.6  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 462 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  27.75 
 
 		 172 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  30.61 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  34.13 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  30 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  28 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  29.87 
 
 		 172 aa  67.4  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  26.79 
 
 		 171 aa  67.4  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  30.82 
 
 		 187 aa  67  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  32.54 
 
 		 203 aa  67  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 172 aa  67  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  35.17 
 
 		 615 aa  67  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  25.15 
 
 		 172 aa  66.6  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  29.41 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>