More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2399 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  639    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  79.59 
 
 		 338 aa  502  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  65.62 
 
 		 294 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.26 
 
 		 299 aa  350  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.26 
 
 		 299 aa  350  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.6 
 
 		 299 aa  349  3e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.52 
 
 		 306 aa  335  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.31 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.97 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.44 
 
 		 305 aa  319  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.49 
 
 		 305 aa  318  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.59 
 
 		 342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.24 
 
 		 324 aa  219  6e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.07 
 
 		 316 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.3 
 
 		 324 aa  206  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.02 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.24 
 
 		 332 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.14 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.8 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.66 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.1 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.14 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.89 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.35 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.41 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.61 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.45 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 374 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  40.94 
 
 		 168 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  37.93 
 
 		 201 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  37.36 
 
 		 200 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  38.04 
 
 		 591 aa  97.1  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  39.33 
 
 		 579 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  39.35 
 
 		 173 aa  95.1  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  39.35 
 
 		 169 aa  95.5  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.63 
 
 		 594 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.47 
 
 		 579 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.47 
 
 		 604 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  39.55 
 
 		 179 aa  92.8  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  39.52 
 
 		 192 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  38.61 
 
 		 203 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36.99 
 
 		 175 aa  89.7  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  39.61 
 
 		 175 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34.13 
 
 		 168 aa  89.7  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  36.05 
 
 		 176 aa  89.7  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.42 
 
 		 593 aa  89  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  38.56 
 
 		 191 aa  89  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  34.36 
 
 		 188 aa  87.8  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  39.49 
 
 		 177 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  34.69 
 
 		 171 aa  87  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.01 
 
 		 199 aa  87  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  35 
 
 		 187 aa  87  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.73 
 
 		 454 aa  86.3  7e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.29 
 
 		 171 aa  85.9  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.56 
 
 		 190 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  38.51 
 
 		 552 aa  85.1  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  33.94 
 
 		 183 aa  84.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  42.67 
 
 		 187 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  32.08 
 
 		 172 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  37.5 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  35.98 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  39.22 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.13 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  31.94 
 
 		 277 aa  83.2  0.000000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  36.13 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  37.66 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  32.93 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  34.97 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.95 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.95 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.95 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  37.06 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.03 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.33 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  34.73 
 
 		 170 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  30.88 
 
 		 192 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  29.14 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 		 615 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  31.15 
 
 		 190 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  33.12 
 
 		 176 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  36.77 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  28.81 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  36.31 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  34.84 
 
 		 196 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  38.51 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  29.11 
 
 		 172 aa  80.9  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  32.24 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.68 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  36.08 
 
 		 161 aa  80.1  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  31.87 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  36.77 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  35.93 
 
 		 163 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  31.87 
 
 		 176 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  38.15 
 
 		 551 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  32.73 
 
 		 174 aa  78.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.94 
 
 		 180 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  32.39 
 
 		 173 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.77 
 
 		 208 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  33.9 
 
 		 200 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>