More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0219 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  659    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  77.58 
 
 		 324 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  79.26 
 
 		 332 aa  496  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.9 
 
 		 318 aa  492  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  74.06 
 
 		 316 aa  440  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  67.25 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.87 
 
 		 315 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.06 
 
 		 374 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.07 
 
 		 327 aa  362  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.22 
 
 		 315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  62.95 
 
 		 317 aa  352  5e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.03 
 
 		 309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.86 
 
 		 316 aa  264  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.51 
 
 		 342 aa  235  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.77 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.45 
 
 		 317 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.48 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.73 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.39 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.86 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.44 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.05 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.53 
 
 		 323 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.09 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.22 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.22 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.28 
 
 		 270 aa  195  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.85 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.78 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  38.12 
 
 		 187 aa  94.4  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  32.9 
 
 		 168 aa  92.4  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  33.12 
 
 		 172 aa  92  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  35.33 
 
 		 179 aa  89.4  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.9 
 
 		 593 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.97 
 
 		 196 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  34.38 
 
 		 208 aa  87.8  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36.42 
 
 		 184 aa  87.4  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.45 
 
 		 591 aa  86.7  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  31.97 
 
 		 196 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 594 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.54 
 
 		 173 aa  85.1  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.19 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  32.88 
 
 		 199 aa  84.3  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  35.42 
 
 		 203 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  31.58 
 
 		 195 aa  83.2  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  30.92 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  31.43 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30.87 
 
 		 171 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.21 
 
 		 579 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  30.56 
 
 		 197 aa  81.6  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  34.76 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  31.46 
 
 		 199 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.94 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  29.86 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.55 
 
 		 604 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.55 
 
 		 579 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  35 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  33.77 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.4 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  31.87 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.14 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  30.52 
 
 		 220 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34 
 
 		 200 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.84 
 
 		 552 aa  78.2  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.12 
 
 		 170 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  34.46 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  32.75 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  32.34 
 
 		 615 aa  77.4  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  36 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  34.46 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  31.58 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  33.33 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  29.87 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  30.07 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  29.87 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  29.87 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  29.87 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  31.79 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  31.79 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  31.58 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  29.41 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  33.71 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  29.41 
 
 		 185 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  28.25 
 
 		 190 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  34.51 
 
 		 172 aa  75.5  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  31.13 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  30.92 
 
 		 181 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.85 
 
 		 172 aa  74.7  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  30.41 
 
 		 179 aa  74.7  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 462 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  29.65 
 
 		 170 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  32.16 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  31.13 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  29.8 
 
 		 166 aa  73.6  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.78 
 
 		 177 aa  73.6  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0938  shikimate kinase  35.21 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.108411  normal  0.830566 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  30.3 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  30.52 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  31.97 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  32.45 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>