More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6642 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  248  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.64 
 
 		 306 aa  227  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.43 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.15 
 
 		 304 aa  221  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  49.61 
 
 		 342 aa  218  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.99 
 
 		 305 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.64 
 
 		 317 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.32 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.39 
 
 		 374 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.12 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.7 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.91 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.08 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.65 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.13 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.4 
 
 		 309 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.49 
 
 		 318 aa  201  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.75 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.14 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.02 
 
 		 316 aa  199  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.24 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.28 
 
 		 324 aa  195  7e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.84 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.84 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.86 
 
 		 328 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.51 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.89 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.22 
 
 		 338 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  37.65 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  35.03 
 
 		 552 aa  102  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  31.02 
 
 		 200 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  32.37 
 
 		 191 aa  96.7  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  30.19 
 
 		 172 aa  96.7  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  34.81 
 
 		 188 aa  96.3  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  32.74 
 
 		 171 aa  95.9  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.26 
 
 		 208 aa  95.1  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  29.17 
 
 		 168 aa  94  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  33.33 
 
 		 203 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  35.95 
 
 		 179 aa  92  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  35.76 
 
 		 192 aa  92  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  29.41 
 
 		 201 aa  92  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.16 
 
 		 593 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  34.94 
 
 		 187 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  31.72 
 
 		 199 aa  90.9  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  33.99 
 
 		 196 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  31.43 
 
 		 195 aa  89.7  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.99 
 
 		 196 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  29.94 
 
 		 591 aa  87.8  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  25 
 
 		 166 aa  87  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  34.12 
 
 		 217 aa  86.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  34.12 
 
 		 206 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  34.12 
 
 		 200 aa  86.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  29.63 
 
 		 168 aa  86.3  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.32 
 
 		 173 aa  86.3  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  30.12 
 
 		 172 aa  86.3  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  30.64 
 
 		 181 aa  85.9  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  28.07 
 
 		 185 aa  85.5  8e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  30.82 
 
 		 191 aa  85.5  8e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  34.93 
 
 		 190 aa  85.5  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  30.77 
 
 		 197 aa  85.5  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 594 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  26.9 
 
 		 185 aa  84.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  31.68 
 
 		 181 aa  84.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.67 
 
 		 198 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  26.9 
 
 		 185 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  28.73 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  30.6 
 
 		 579 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  33.13 
 
 		 180 aa  84.3  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  30.77 
 
 		 184 aa  84  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  27.49 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  36.18 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  29.34 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  30.77 
 
 		 167 aa  82.4  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0938  shikimate kinase  32.56 
 
 		 172 aa  82.8  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.108411  normal  0.830566 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  32.03 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  29.41 
 
 		 495 aa  82.4  0.000000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  31.18 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  32.58 
 
 		 184 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.28 
 
 		 172 aa  81.3  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  36.71 
 
 		 174 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  36.71 
 
 		 174 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  31.37 
 
 		 206 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  36.71 
 
 		 174 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  31.58 
 
 		 174 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  30.68 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  30.41 
 
 		 579 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  31.58 
 
 		 174 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  30.41 
 
 		 604 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  30.54 
 
 		 180 aa  80.9  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  32.5 
 
 		 178 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  31.13 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  25.84 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  34.13 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  32.47 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  31.87 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  35.71 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  31.37 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 457 aa  79  0.00000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  29.27 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>