More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5273 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  85.1 
 
 		 305 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  82.84 
 
 		 317 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.61 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.85 
 
 		 306 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.49 
 
 		 338 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.74 
 
 		 294 aa  323  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.49 
 
 		 328 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.14 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.14 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.14 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.63 
 
 		 342 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.21 
 
 		 304 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.4 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.61 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.86 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.05 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.73 
 
 		 324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.43 
 
 		 270 aa  225  9e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.52 
 
 		 324 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.49 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.9 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.25 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.21 
 
 		 323 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.27 
 
 		 316 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.87 
 
 		 315 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.25 
 
 		 374 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.87 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.44 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  41.06 
 
 		 203 aa  102  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  37.89 
 
 		 201 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 604 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 579 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  40.85 
 
 		 200 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 579 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  36.25 
 
 		 173 aa  97.4  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.73 
 
 		 591 aa  96.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.66 
 
 		 183 aa  97.1  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.73 
 
 		 593 aa  95.5  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.36 
 
 		 170 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  34.34 
 
 		 192 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.58 
 
 		 170 aa  94.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 172 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  41.55 
 
 		 187 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  35.8 
 
 		 179 aa  94  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  29.45 
 
 		 171 aa  93.6  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  29.78 
 
 		 199 aa  93.2  5e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  40.14 
 
 		 191 aa  92.8  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  92.4  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34.75 
 
 		 168 aa  92.4  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  38.41 
 
 		 208 aa  92.4  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  32.04 
 
 		 191 aa  91.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  37.33 
 
 		 179 aa  92  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  34.88 
 
 		 188 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  31.71 
 
 		 172 aa  90.5  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  35.37 
 
 		 187 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  33.14 
 
 		 199 aa  90.1  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.23 
 
 		 176 aa  89.7  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 171 aa  89.7  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.84 
 
 		 594 aa  89.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  36.25 
 
 		 178 aa  89.7  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  34.97 
 
 		 196 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  29.52 
 
 		 171 aa  88.6  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  32.16 
 
 		 174 aa  88.6  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  34.32 
 
 		 197 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 171 aa  88.2  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  34.03 
 
 		 196 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  34.36 
 
 		 179 aa  87.4  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  36.42 
 
 		 198 aa  87.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  34.29 
 
 		 195 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.63 
 
 		 552 aa  87  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  35.63 
 
 		 615 aa  86.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.52 
 
 		 176 aa  86.3  5e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  31.98 
 
 		 190 aa  86.3  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  32.39 
 
 		 199 aa  86.3  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  33.75 
 
 		 180 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  30.59 
 
 		 219 aa  85.9  7e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  36.42 
 
 		 192 aa  85.9  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  34.13 
 
 		 175 aa  85.9  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  34.13 
 
 		 175 aa  85.9  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  26.22 
 
 		 172 aa  85.9  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  32.95 
 
 		 190 aa  85.1  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  34.34 
 
 		 180 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  31.9 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  34.42 
 
 		 168 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  34.34 
 
 		 184 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  36.08 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  35.33 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  31.41 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.71 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  31.71 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  31.84 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.75 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  33.12 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  34.64 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.75 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.75 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  33.97 
 
 		 169 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  33.12 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>