More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1627 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  671    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  79.26 
 
 		 324 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  75.93 
 
 		 324 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.81 
 
 		 318 aa  471  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.47 
 
 		 316 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  63.51 
 
 		 304 aa  378  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  67.02 
 
 		 315 aa  373  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.29 
 
 		 374 aa  346  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  58.05 
 
 		 327 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.57 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.21 
 
 		 317 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  50.35 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.47 
 
 		 316 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  51.08 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.25 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.84 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.95 
 
 		 317 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.24 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.24 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.31 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.57 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.7 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.4 
 
 		 299 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.4 
 
 		 299 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.03 
 
 		 270 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.7 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.25 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  34.87 
 
 		 171 aa  97.1  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  39.87 
 
 		 187 aa  95.9  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  33.12 
 
 		 591 aa  93.6  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  32.05 
 
 		 172 aa  93.6  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34.44 
 
 		 168 aa  92.8  6e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  38.1 
 
 		 552 aa  90.9  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.19 
 
 		 593 aa  90.5  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  33.73 
 
 		 176 aa  89.7  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  37.5 
 
 		 198 aa  89.4  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  34.93 
 
 		 199 aa  89.4  8e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  36.3 
 
 		 203 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  36.08 
 
 		 216 aa  86.7  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.11 
 
 		 184 aa  86.7  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.54 
 
 		 196 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.55 
 
 		 208 aa  86.3  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  33.91 
 
 		 190 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  32.24 
 
 		 195 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.54 
 
 		 171 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 169 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  33.56 
 
 		 192 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.54 
 
 		 173 aa  84.3  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  33.95 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  31.54 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.23 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  32.18 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  34.76 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34.25 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  28.93 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  36.18 
 
 		 615 aa  82.4  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  32.93 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 594 aa  82.4  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  30.82 
 
 		 197 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  34.19 
 
 		 188 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  34.25 
 
 		 201 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.4 
 
 		 174 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  35.06 
 
 		 179 aa  82  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  30.99 
 
 		 179 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  32.89 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.25 
 
 		 579 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  33.99 
 
 		 168 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  27.27 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.56 
 
 		 579 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.24 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.56 
 
 		 604 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  32.14 
 
 		 197 aa  79  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  32.14 
 
 		 199 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  34.25 
 
 		 191 aa  78.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  33.55 
 
 		 169 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  30.68 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  30.19 
 
 		 185 aa  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  32.05 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  32.24 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.8 
 
 		 172 aa  76.6  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  33.77 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  29.89 
 
 		 277 aa  75.9  0.0000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  32.89 
 
 		 176 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  30.18 
 
 		 174 aa  75.1  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  30.18 
 
 		 174 aa  75.1  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  30.41 
 
 		 188 aa  75.1  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  30.97 
 
 		 181 aa  74.7  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.42 
 
 		 183 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  28.48 
 
 		 166 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  30.92 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  31.76 
 
 		 190 aa  73.9  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  30.07 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  29.11 
 
 		 185 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  30.07 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  30.07 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.56 
 
 		 177 aa  73.2  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  30.41 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  29.41 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>